Granskar genetik (December 2019)

MicroRNA i Hox-nätverket: en uppenbar länk till posterior prevalens

MicroRNA i Hox-nätverket: en uppenbar länk till posterior prevalens

Abstrakt Homeobox (Hox) transkriptionsfaktorer ger anterior – posterior (AP) axiella koordinater till ryggradsembryon. Hox-gener finns i kluster som också innehåller gener för mikroRNA (miRNA). Vår analys av förutsagda miRNA-mål indikerar att Hox-klusterinbäddade miRNA: er företrädesvis riktar sig till Hox-mRNA. Dessutom

I korthet

I korthet

Genetiska skärmar Ett genombrett transgent RNAi-bibliotek för villkorad inaktivering av genen i Drosophila . Dietzl, G. et al . Nature 12 juli 2007 (doi: 10.1038 / nature05954) Detta dokument rapporterar generering och validering av ett storskaligt transgent bibliotek för RNAi-screening i Drosophila melanogaster , vilket gör att genfunktioner kan analyseras i alla vävnader och utvecklingsstadier. Tra

Inavel och epigenetik: gynnsamma såväl som skadliga effekter

Inavel och epigenetik: gynnsamma såväl som skadliga effekter

ämnen epigenetik Inavel Korrespondensartikeln av Christian Biémont (Biémont, C. Inavelseffekter i den epigenetiska eran. Nature Rev. Genet. 11 , 234 (2010) 1 och artiklarna (Charlesworth, D. & Willis, JH Genetik för inavelsdepression. Nature Rev Genet 10 , 783–796 (2009) 2, 3 han diskuterar förtjänar ytterligare dialog.Detta d

Från redaktörerna

Från redaktörerna

Under de senaste åren har en term dominerat genetiskt tänkande inom arenan för komplex mänsklig sjukdom: genombreddsförening (GWA). Det har sagts många gånger att förmågan att skanna genomet på ett opartiskt sätt för varianter som är korrelerade med sjukdomens fenotyper har potential att revolutionera vår biologiska förståelse av några av de största mördarna i den utvecklade världen, till exempel cancer, hjärt-kärlsjukdom och diabetes. Men, lika mycket som

Från redaktörerna

Från redaktörerna

I år har en explosion av publikationer rapporterat resultat från genombredda föreningsstudier (GWAS). Förmågan hos dessa studier att leverera det som lovats under en längre tid kan spåras tillbaka till tillgängligheten av både den mänskliga genomsekvensen och HapMap, liksom förbättringar av genotypteknologier; se till exempel Nature Reviews Genetics 7 , 632–644 (2006) och Nature 447 , 655–660 (2007). Hittills har d

Rutter för att bryta och skydda genetisk integritet

Rutter för att bryta och skydda genetisk integritet

ämnen Datapublicering och arkivering DNA-sekvensering Etik Genetiska databaser Den ursprungliga artikeln publicerades den 8 maj 2014 Nature Reviews Genetics 15 , 409–421 (2014) I ovanstående artikel anges en felaktig citering i referens 107. Citationen borde ha varit: Ayday, E., Raisaro, JL, McLaren, PJ, Fellay, J. &a

Arvliga bidrag kontra genetisk arkitektur

Arvliga bidrag kontra genetisk arkitektur

ämnen Sjukdomgenetik Epidemiologi Genetisk variation Genomfattande föreningsstudier Ärftligt kvantitativt drag Medicinsk genomik Nästa generations sekvensering Vi läser med intresse korrespondensen av Evans och Keller (med hjälp av partitionerade ärvbarhetsmetoder för att utforska genetisk arkitektur. Nat. R

Från redaktörerna

Från redaktörerna

I år är det tioårsjubileet för Carl Linnaeus födelse - en svensk naturforskare, idag känd som fader till taxonomi och modern ekologi. Bland hans arv är konventionen om binomial nomenklatur för arter (som i Drosophila melanogaster ), liksom den grundläggande organisationen av dagens taxonomi (underindelningen av kungadömen i klasser, deras underindelning i beställningar och deras ytterligare underindelning i genera, och så vidare) . För att fi

Variation i mutationsgrad i eukaryoter: evolutionära konsekvenser av platsspecifika mekanismer

Variation i mutationsgrad i eukaryoter: evolutionära konsekvenser av platsspecifika mekanismer

Baer et al .: S recension "Mutationsfrekvensvariation i multicellulära eukaryoter: orsaker och konsekvenser" 1 förmedlar exakt tenoren i de flesta litteraturer om utveckling av mutationsgraden. Även om man inser att mutationsgraden kan variera dramatiskt från plats till plats inom ett genom ignorerar eller minimerar denna litteratur mestadels de speciella egenskaperna och konsekvenserna av platsspecifika mutationsmekanismer. Ti

Bedömning och hantering av risk vid uppdelning av sammanlagda genetiska variantdata

Bedömning och hantering av risk vid uppdelning av sammanlagda genetiska variantdata

ämnen Genetiska databaser Genetisk variation Genomfattande föreningsstudier Den ursprungliga artikeln publicerades den 16 september 2011 Nature Reviews Genetics 12 , 730–736 (2011) I ovanstående artikel anges den felaktiga länken för GWAS Central. Rätt länk borde ha varit //www.gwascentral.org. I rutan

Molnberäkning för genomisk dataanalys och samarbete

Molnberäkning för genomisk dataanalys och samarbete

ämnen Beräkningsbiologi och bioinformatik Genetiska databaser Genomics Nästa generations sekvensering Forskningsdata Den ursprungliga artikeln publicerades den 30 januari 2018 Nature Reviews Genetics doi: 10.1038 / nrg.2017.113 (2018) Ovanstående artikel sade ursprungligen “FireCloud och CGC förlitar sig på AWS och Google Cloud Platform för dator- och datalagring. Förutom

Från redaktörerna

Från redaktörerna

Genetik är inte främling för kultur - många konstverk, litteratur och arkitektur utforskar teman som ärftlig sjukdom, evolution och DNA-strukturen. Den senaste trenden har varit att fokusera på individuell variation. Nu när många har tillgång till delar av sin egen genetiska sammansättning är det ingen brist på människor som hoppas kunna tjäna pengar genom att förvandla dem till konst. Företag som D

LCN DNA: bevis över rimligt tvivel? - ett svar

LCN DNA: bevis över rimligt tvivel? - ett svar

I artikeln av McCartney (LCN DNA: bevis över rimligt tvivel? Nature Rev. Genet. 9 , 325 (2008)) 1 , hävdas att Omagh-rättegången hade utsatt allvarliga brister i DNA-bevisen. Mycket av bevisen rapporterades emellertid inte av media, och det innehöll inte heller själva domen. Forskarens roll är att dispassivt råda domstolen om bevisens betydelse. Följak

Förbättra mänskliga kriminaltekniker genom framsteg inom genetik, genomik och molekylärbiologi

Förbättra mänskliga kriminaltekniker genom framsteg inom genetik, genomik och molekylärbiologi

ämnen Bioinformatik Cancergenomik Etik Genetiska tekniker Genomics Molekylärbiologi Samhällsvetenskap Teknologi Den ursprungliga artikeln publicerades den 18 februari 2011 Nature Reviews Genetics 12 , 179–192 (2011) I figur 3 i denna artikel var den röda rutan som omger det andra, tredje och fjärde ögat i den tredje kolumnen felaktigt placerad. Rutan

Från redaktörerna

Från redaktörerna

Hur mycket av genomet transkriberas och vad är funktionen för RNA-utgången? Det brukade vara möjligt att ge enkla svar på dessa frågor. Med några få undantag trodde transkription börja från definierade regioner - promotorer av proteinkodande gener - och att tjäna som ett mellansteg i produktionen av proteiner. De senast

Från redaktörerna

Från redaktörerna

På drygt ett decennium har genomfattande föreningsstudier (GWAS) gått från en back-of-the-kuvertberäkning till multimiljonpundprojekt till, avgörande, fruktbara resultat i form av genomiska regioner som kan predisponera för flera komplexa sjukdomar . Framgången för GWAS - som syftar till att identifiera genetiska markörer som är vanligare hos drabbade individer jämfört med icke-drabbade individer i en befolkning - byggde på framstegen inom tekniken bakom SNP-identifiering och genotypning, och på en enorm injektion av kontanter för att stödja toppmoderna anläggningar. Denna månad medd

Empiriska tester för kompositionsepistas

Empiriska tester för kompositionsepistas

ämnen Genetisk interaktion Genetisk variation Statistiska metoder I sin granskningsartikel (Upptäcka gen – gen-interaktioner som ligger till grund för mänskliga sjukdomar. Nature Rev. Genet. 10 , 392–404 (2009)) 1 och på andra håll 2 har Cordell hävdat att statistiska test för interaktioner är av begränsad användning för att belysa epistas i en mer biologisk känsla av termen - det vill säga när effekten av en viss genetisk variant maskeras av en variant på ett annat lokus 3, 4 ('kompositionsepistas' 5 ). Anta att två genet

Att behandla speciationprocesser som komplexa egenskaper

Att behandla speciationprocesser som komplexa egenskaper

I ruta 4 i deras granskning 1 listade Noor och Feder tio exempel på gener som är involverade i att bilda en reproduktionsbarriär som kan leda till speciationhändelser. Författarna skrev: "... vi kan bli förvånade i framtiden eftersom fler hinder kartläggs och visar sig involvera mekanismer som meiotisk drivning eller genomisk konflikt i större utsträckning än vad som för närvarande uppskattas" (sidan 858). Ett argumen

Associeringstester för sällsynta varianter: screening av mutationsmutationer vid fall

Associeringstester för sällsynta varianter: screening av mutationsmutationer vid fall

ämnen Cancergenetik Genetisk testning Genomfattande föreningsstudier Sällsynta varianter Två senaste recensionerna, en i Nature Reviews Genetics från Bansal et al . (Statistiska analysstrategier för associeringsstudier som involverar sällsynta varianter. Nature Rev. Genet. 11 , 773–785 (2010)) 1 och en annanstans 2 , undersökte det framväxande området för sällsynta variantassociationstudier. Dessa recens

Svar: Om värdet av haplotypbaserad genotyp – fenotypanalys och om datatransformation i farmakogenetik och -genomik

Svar: Om värdet av haplotypbaserad genotyp – fenotypanalys och om datatransformation i farmakogenetik och -genomik

Jag välkomnar kommentarerna från Vormfelde och Brockmöller, som jag inte anser vara helt motsägna mig utan att gå längre än jag hade utrymme att göra i min inledande artikel. Jag vill dock lägga fram flera varningar om deras iakttagelser. Haplotype-analyser kan ofta förmedla fördelar jämfört med att analysera en SNP i taget, särskilt när det, som jag noterade på sidan 787 i min Review 1 , finns flera, tätt länkade funktionella varianter som verkar i cis . Emellertid kompe