Protokoll (December 2019)

Användningen av den förhöjda plus labyrinten som en analys av ångestrelaterat beteende hos gnagare

Användningen av den förhöjda plus labyrinten som en analys av ångestrelaterat beteende hos gnagare

Abstrakt Den förhöjda plus-labyrinten är ett allmänt använt beteendeanalys för gnagare och det har validerats för att bedöma anti-ångesteffekter av farmakologiska medel och steroidhormoner och att definiera hjärnregioner och mekanismer som ligger bakom ångestrelaterat beteende. I korthet placeras råttor eller möss i korsningen mellan labyrans fyra armar, vända mot en öppen arm, och poster / varaktighet i varje arm registreras av ett videospårningssystem och observatör samtidigt under 5 minuter. Andra etologisk

Generering av en definierad och enhetlig population av CNS-förfäder och neuroner från musembryonala stamceller

Generering av en definierad och enhetlig population av CNS-förfäder och neuroner från musembryonala stamceller

Abstrakt Ett detaljerat protokoll beskrivs som gör det möjligt att generera väsentligen rena populationer av glutamatergiska neuroner från musembryonstamceller (ES). Det är baserat på kulturen för ES-celler som hålls odifferentierade genom upprepad delning och därefter amplifieras som icke-vidhäftande cellaggregat. Behandli

Rättelse: Ett standardiserat protokoll för upprepad social nederlagsstress hos möss

Rättelse: Ett standardiserat protokoll för upprepad social nederlagsstress hos möss

Den ursprungliga artikeln publicerades den 21 juli 2011 Nat. Protoc. 6 , 1183–1191 (2011); doi: 10, 1038 / nprot.2011.361; publicerad online 21 juli 2011; korrigerad efter tryck 17 december 2014 I den version av denna artikel som ursprungligen publicerades, fanns det viss förvirring över tolkningen av meningen "Vidare bör nederlag köras under ständig veterinärbedömning och med fullt godkännande av alla nödvändiga institutionella granskningsnämnder och standarder." För y

Cytokinesis-block micronucleus cytomanalys

Cytokinesis-block micronucleus cytomanalys

Den här artikeln har uppdaterats Abstrakt Cytokinesis-block micronucleus cytomanalysen är ett omfattande system för att mäta DNA-skador, cytostas och cytotoxicitet. Händelser av DNA-skador värderas specifikt i en gång uppdelade binuclerade (BN) celler och inkluderar (a) mikronuklei (MNi), en biomarkör för kromosombrott och / eller hela kromosomförlust, (b) nukleoplasmiska broar (NPB), en biomarkör av DNA felreparation och / eller telomerändfusioner, och (c) kärnknoppar (NBUD), en biomarkör för eliminering av amplifierat DNA och / eller DNA-reparationskomplex. Cytostatiska

Platsspecifik inkorporering av fluorotyrosiner i R2-subenheten för E. coli ribonukleotidreduktas genom uttryckt proteinligering

Platsspecifik inkorporering av fluorotyrosiner i R2-subenheten för E. coli ribonukleotidreduktas genom uttryckt proteinligering

Abstrakt Uttryckt proteinligering (EPL) tillåter semisyntes av ett målprotein med platsspecifik inkorporering av sonder eller onaturliga aminosyror vid dess N- eller C-terminaler. Här beskriver vi protokollet som vårt laboratorium har utvecklat för att införliva fluorotyrosiner (F n Ys) vid rest 356 av den lilla underenheten av Escherichia coli ribonukleotidreduktas med EPL. I de

Rättelse: Genomfattande kopienummeranalys av enstaka celler

Rättelse: Genomfattande kopienummeranalys av enstaka celler

Den ursprungliga artikeln publicerades den 3 maj 2012 Nat. Protoc. 7 , 1024–1041 (2012); publicerad online 3 maj 2012; korrigerat efter tryck 24 februari 2016 I den version av denna artikel som ursprungligen publicerades var enheterna för koncentrationen av NaCl i NST-bufferten som beskrivs i avsnittet Reagensinställning felaktiga. Rä

En mikroprop-analys i in vivo med hög kapacitet för screening av genominstabilitet hos möss

En mikroprop-analys i in vivo med hög kapacitet för screening av genominstabilitet hos möss

ämnen DNA-skada och reparation Flödescytometri Genomisk instabilitet Mus Abstrakt Vi beskriver en känslig, robust metod med hög genomströmning för att kvantifiera bildandet av mikronuklei, markörer för genominstabilitet, i muserytrocyter. Mikrokärnor är hela kromosomer eller kromosomsegment som har separerats från kärnan. Andra meto

Substrataktivitetsscreening (SAS): en allmän procedur för beredning och screening av ett fragmentbaserat icke-peptidiskt proteassubstratbibliotek för hämmareupptäckt

Substrataktivitetsscreening (SAS): en allmän procedur för beredning och screening av ett fragmentbaserat icke-peptidiskt proteassubstratbibliotek för hämmareupptäckt

Abstrakt Substrataktivitetsscreening (SAS) är en fragmentbaserad metod för snabb utveckling av nya substrat och deras omvandling till icke-peptidiska hämmare av Cys och Ser-proteaser. Metoden består av tre steg: (i) ett bibliotek av N- acylaminokoumariner med olika N- acylgrupper med låg molekylvikt screenas för att identifiera proteassubstrat med användning av en enkel fluorescensbaserad analys; (ii) de identifierade N- acylaminokoumarinsubstraten optimeras genom snabb analog syntes och utvärdering; och (iii) de optimerade substraten omvandlas till hämmare genom direkt ersättning av aminokouma

Primär odling av bovina kromaffinceller

Primär odling av bovina kromaffinceller

Abstrakt Detta protokoll beskriver den primära kulturen för individuella kromaffinceller härledda genom enzymatisk matsmältning från binjurens medulla i den bovina binjurarna. Sedan slutet av 1970-talet har sådana celler tillhandahållit ett användbart modellsystem för att studera neurotransmitterbiosyntes, lagring och frisättning i det katekolaminergiska systemet. Protokol

Biosensorbaserade analyser för PQS, HHQ och relaterade 2-alkyl-4-kinolonkvorumavkännande signalmolekyler

Biosensorbaserade analyser för PQS, HHQ och relaterade 2-alkyl-4-kinolonkvorumavkännande signalmolekyler

Abstrakt 2-Alkyl-4-kinoloner (AHQ), såsom 2-heptyl-3-hydroxi-4-kinolon (PQS) och 2-heptyl-4-kinolon (HHQ), är quorumavkännande signalmolekyler. Här beskriver vi metoder för AHQ-detektion, tentativ identifiering och kvantifiering, som använder en lux- baserad Pseudomonas aeruginosa AHQ-biosensorstam. Prot

Kvantitativ analys av fångstanalyser för kromosomkonformation (3C-qPCR)

Kvantitativ analys av fångstanalyser för kromosomkonformation (3C-qPCR)

Abstrakt Chromosom conformation capture (3C) -teknologi är en banbrytande metod som gör att genomisk organisation in vivo kan utforskas i en skala som omfattar några tiotals till några hundra kilobaspar. Förståelse av vikningen av genomet på denna skala är särskilt viktigt hos däggdjur där spridda reglerande element, som förstärkare eller isolatorer, är involverade i genreglering. 3C-teknik in

Generering av cellfria extrakt av Xenopusägg och demembranerad spermkromatin för montering och isolering av in vitro-bildade kärnor för Western blotting och skanning av elektronmikroskopi (SEM)

Generering av cellfria extrakt av Xenopusägg och demembranerad spermkromatin för montering och isolering av in vitro-bildade kärnor för Western blotting och skanning av elektronmikroskopi (SEM)

Abstrakt Detta protokoll beskriver metoder för generering av cellfria extrakt och DNA-mallar från ägg respektive spermkromatin från den klöda padden Xenopus laevis . Vi har använt detta system med avsökning av elektronmikroskopi (SEM), som beskrivs här, för att analysera de biokemiska kraven och strukturella vägarna för biogenes av eukaryotiska kärnhöljen (NE) och kärnporkomplex (NPC). Detta protok

Att erhålla genom från okultiverade miljömikroorganismer med FACS-baserad enkelcellsgenomik

Att erhålla genom från okultiverade miljömikroorganismer med FACS-baserad enkelcellsgenomik

ämnen Miljömikrobiologi Flödescytometri Genomics Hela genomförstärkningen Abstrakt Encellens genomik är ett kraftfullt verktyg för att utforska den genetiska sammansättningen av miljömikroorganismer, varav de flesta är svåra, om inte omöjliga, att odla med nuvarande tillvägagångssätt. Här presenterar vi ett omfattande protokoll för att erhålla genom från okultiverade miljömikrober via enkelcellsisolering med hög kapacitet genom FACS. Protokollet omfatta

Kollageninducerad artrit

Kollageninducerad artrit

Abstrakt Den kollageninducerade artrit (CIA) musmodellen är den vanligast studerade autoimmuna modellen för reumatoid artrit. Autoimmun artrit induceras i denna modell genom immunisering med en emulsion av komplett Freunds adjuvans och typ II kollagen (CII). Detta protokoll beskriver de steg som är nödvändiga för förvärv, hantering och beredning av CII, samt val av musstammar, korrekt immuniseringsteknik och utvärdering av artritincidensen och svårighetsgraden. Vanligtv

Generering av cerebrala organoider från humana pluripotenta stamceller

Generering av cerebrala organoider från humana pluripotenta stamceller

ämnen Utveckling av nervsystemet neurogenes Neurologiska modeller Differentiering av stamceller Abstrakt Mänsklig hjärnutveckling uppvisar flera unika aspekter, såsom ökad komplexitet och expansion av neuronal produktion, som har visat sig vara svårt att studera i modellorganismer. Som ett resultat är in vitro- strategier för att modellera människors hjärnutveckling och sjukdom ett intensivt forskningsområde. Här beskr

Erratum: Tethered partikelanalys av superslingat cirkulärt DNA med användning av peptidnukleinsyrahandtag

Erratum: Tethered partikelanalys av superslingat cirkulärt DNA med användning av peptidnukleinsyrahandtag

Den ursprungliga artikeln publicerades 21 augusti 2014 Nat. Protoc. 9 , 2206–2223 (2014); doi: 10, 1038 / nprot.2014.152; publicerad online 21 augusti 2014; korrigerat efter tryck 12 september 2014 I den version av denna artikel som ursprungligen publicerades citerades inte källan från vilken figurerna 2, 4, 8 och 9 anpassades. Fe

Omfattande analys av mononukleära fagocyter från retinal mus

Omfattande analys av mononukleära fagocyter från retinal mus

ämnen neuroimmunologi Näthinnan Abstrakt Det medfödda immunsystemet aktiveras i ett antal degenerativa och inflammatoriska näthinnestörningar, såsom åldersrelaterad makuladegeneration (AMD). Retinala mikroglia, koroidala makrofager och rekryterade monocyter, tillsammans benämnda "retinal mononukleära fagocyter", är avgörande faktorer för resultatet av okulär sjukdom. Många publi

Utveckling, validering och implementering av immobiliserad metallaffinitet för fosfokemikalier (IMAP) -baserade screeninganalyser med hög kapacitet för föreningar med låg molekylvikt

Utveckling, validering och implementering av immobiliserad metallaffinitet för fosfokemikalier (IMAP) -baserade screeninganalyser med hög kapacitet för föreningar med låg molekylvikt

Abstrakt Detta protokoll beskriver analysutveckling, validering och implementering av automatiserad immobiliserad metallaffinitet för fosfokemikalier (IMAP) -baserad fluorescenspolarisation (FP) och tidsupplöst fluorescensresonansenergiöverförings (TR-FRET) analyser med hög kapacitet screening (HTS) för identifiering av kinasinhibitorer med låg molekylvikt. Båda

Rättelse: Koboltbaserade nanokatalysatorer för grön oxidations- och hydreringsprocesser

Rättelse: Koboltbaserade nanokatalysatorer för grön oxidations- och hydreringsprocesser

Den ursprungliga artikeln publicerades den 21 maj 2015 Nat. Protoc. 10 , 916–926 (2015); publicerad online 21 maj 2015; korrigerat efter tryck 16 september 2015 I versionen av denna artikel som ursprungligen publicerades hade rutan 1 den felaktiga titeln; rätt titel är "Katalysatoråtervinningsexperiment med nitrobensen: 30 timmar.&quo