Metoder (December 2019)

Snabb, exakt felkorrigering av amplikonpyrosekvenser med Acacia

Snabb, exakt felkorrigering av amplikonpyrosekvenser med Acacia

ämnen Bioinformatik Mikrobiella samhällen Sequencing Till redaktören: Mikrobiella mångfaldsmätningar baserade på amplikonsekvenssekvenser med hög kapacitet komprometteras av läsfel. Roche 454 GS FLX-titanpyrosquencing är för närvarande den mest använda tekniken för amplikonbaserade mikrobiella samhällsstudier, trots höga homopolymerassocierade insättnings-borttagningsfel 1, 2 . För närvarande

Kvantifiera den lokala upplösningen av kryo-EM-täthetskartor

Kvantifiera den lokala upplösningen av kryo-EM-täthetskartor

ämnen Kryoelektronmikroskopi Bildbehandling proteiner programvara Abstrakt Vi föreslår en definition av lokal upplösning för tredimensionell elektronisk kryo-mikroskopi (kryo-EM) -densitetskartor som använder lokala sinusformade funktioner. Vår algoritm har inga fria parametrar och är tillämplig på andra avbildningsmodaliteter, inklusive tomografi. Genom at

Datavisualisering: tvetydighet som medresenär

Datavisualisering: tvetydighet som medresenär

ämnen Bioinformatik Beräkningsbiologi och bioinformatik Att vara säker är bra; att vara osäker är inte nödvändigtvis dåligt. Forskningsteam arbetar för att göra osäkerheten visuell. Huvudsaklig Data från ett experiment kan verka som bunnsolid. Vid ytterligare undersökning kan uppgifterna förändras till något mycket mindre fast. En knä-ryck rea

ProteomeBinders: planering av en europeisk resurs av affinitetsreagens för analys av det humana proteomet

ProteomeBinders: planering av en europeisk resurs av affinitetsreagens för analys av det humana proteomet

En rättelse till denna artikel publicerades den 1 februari 2007 Den här artikeln har uppdaterats ProteomeBinders är ett nytt europeiskt konsortium som syftar till att upprätta en omfattande resurs med välkarakteriserade affinitetsreagens, inklusive men inte begränsat till antikroppar, för analys av det humana proteomet. Med t

Tillägg: Utforska sekvensdeterminanterna för amyloidstrukturen med hjälp av positionsspecifika poängmatriser

Tillägg: Utforska sekvensdeterminanterna för amyloidstrukturen med hjälp av positionsspecifika poängmatriser

ämnen Proteinaggregering Proteinsekvensering Proteominformatik Den ursprungliga artikeln publicerades den 14 februari 2010 Nat. Metoder 7 , 237–242 (2010); publicerad online 14 februari 2010; tillägg publicerat efter tryck 29 september 2010. Efter publiceringen av vårt papper identifierade vi ett misstag i tabell 1 när det gäller jämförelse av vårt program, Waltz, med programmet 3D-profil 1 (ref. 25 i vår

Plasmider: shoppa i en ålder av gott

Plasmider: shoppa i en ålder av gott

ämnen Cytologiska tekniker Funktionell genomik Solceller Teknologi Att hantera, dela och kontrollera kvaliteten på plasmider kan vara enkelt. Men många tekniker för att sprida dem skalas inte, vilket leder till ideella företag och företag att utforska nya alternativ. Huvudsaklig Det finns många sätt att "handla" efter plasmider, det extrakromosomala, cirkulära DNA som finns i bakterier och vissa eukaryota celler. Plasmid

Ju mindre desto bättre

Ju mindre desto bättre

Biologer intresserar alltmer för enmolekylsätt. I det här numret ger en Focus en biologguide till detta relativt nya fält, och två artiklar visar framsteg inom nanoskalavisualisering. Besök methagora för att se och posta kommentarer på den här artikeln. Förmågan att analysera biologiska system på enmolekylnivå öppnar möjligheter att undersöka som inte är möjliga med hjälp av tekniker som mäter sammansatta egenskaper hos molekylpopulationer. Denna nya utsiktsp

Rättelse: Noggrann identifiering av enstaka nukleotidvarianter i helgenomförstärkta enstaka celler

Rättelse: Noggrann identifiering av enstaka nukleotidvarianter i helgenomförstärkta enstaka celler

Den ursprungliga artikeln publicerades 20 mars 2017 Nat. Metoder 14 , 491–493 (2017); publicerad online 20 mars 2017; korrigerat efter tryck 13 oktober 2017 I den version av denna artikel som ursprungligen publicerades, Lodato, MA et al . Science 350 , 94–98 (2015) (referens 2) citerades som ett exempel på en enkelcells sekvenseringsstudie med höga CG-to-TA-övergångar som tillämpar värmelys. Men det

Thermo Scientific-produkter möjliggör avancerad stamcellsapplikation

Thermo Scientific-produkter möjliggör avancerad stamcellsapplikation

Abstrakt Thermo Scientific Stem Cell Excellence-portföljen innehåller många av de produkter som är viktiga för framgångsrik stamcellsforskning. Produkten i Stem Cell Excellence-portföljen, som används av forskare för att stödja de senaste applikationerna i laboratorier runt om i världen, ger den noggrannhet och pålitlighet som krävs för att stödja detta banbrytande forskningsområde. Här beskriver

Mikroskopi: se igenom vävnad

Mikroskopi: se igenom vävnad

ämnen Cellulär neurovetenskap Fluorescensavbildning Teknologi Vävnadsprover sprider ljus och stänger ut ett djupare blick. Vävnadsrensande medel har ändrat det, men forskare måste överväga att optimera optiken när de använder dessa metoder. Huvudsaklig För att studera orsakerna till hjärtattacker, utvecklade den tyska anatomisten Werner Spalteholz ett sätt att göra hjärtvävnad transparent med en blandning av bensylalkohol och metylsalicylat. Han visade 370

Rättelse: Massivt parallell mutagenes med en enda aminosyra

Rättelse: Massivt parallell mutagenes med en enda aminosyra

Den ursprungliga artikeln publicerades den 5 januari 2015 Nat. Metoder 12 , 203–206 (2015); publicerad online 5 januari 2015; korrigerat efter tryck 10 april 2017 I den version av denna artikel som ursprungligen publicerades var enheten (nM) för dUTP-koncentrationen som beskrivs i avsnittet "Förberedelse av vildtypsmall" i onlinemetoderna felaktig. Rä

Rättelse: Detektion av mindre läkemedelsresistenta populationer genom parallell allelspecifik sekvensering

Rättelse: Detektion av mindre läkemedelsresistenta populationer genom parallell allelspecifik sekvensering

Den ursprungliga artikeln publicerades den 7 januari 2007 Nat. Metoder ; publicerad online 7 januari 2006; korrigerade online 18 januari 2007. I den kompletterande informationen som ursprungligen publicerades online för att följa den här artikeln var bilden för patienten 200371 i tilläggsfigur 6 felaktig. Den

Ett intelligent designat svar

Ett intelligent designat svar

Forskare kommer allt oftare att bli uppmanade att diskutera myten om intelligent design som en vetenskaplig teori. Besök methagora för att se och posta kommentarer på den här artikeln. Lite mer än ett år innan vi firar tvåårsdagen av Darwins födelse är anti-Darwin-aktivismen levande och bra. Den mest

Mikrofluidik: på jakt efter en mördningsapplikation

Mikrofluidik: på jakt efter en mördningsapplikation

Företag och akademiska forskare utvecklar fler och fler mikrofluidiska enheter. Men vad de tekniska intressenterna verkligen vill ha är en applikation som kommer att utlösa omfattande antagande av mikrofluidik av biologer. Nathan Blow rapporterar. Fältet för mikrofluidik är nu vid en punkt där sökningen pågår efter en "killerapplikation" - eller en "killerapp" som dator folk skulle säga. Under de

Små RNA: biologins modiga nya värld

Små RNA: biologins modiga nya värld

Liten RNA-upptäckt och profileringsinsatser omformar dramatiskt grundläggande koncept för hur gener regleras och leder till nya verktyg för att studera genfunktion. Dubbelsträngade RNA: s förmåga att tystna gener beskrevs först i Caenorhabditis elegans 1998 - en upptäckt som skulle tjäna Andrew Fire och Craig Mello Nobelpriset 2006 i fysiologi eller medicin. Vår kuns

Borrning i stora cancergenomdata

Borrning i stora cancergenomdata

ämnen Bioinformatik Cancergenomik Att bana vägar genom databerg, konsortier utvecklar arbetsflöden och verktyg för utbrett användning. Huvudsaklig Cancergenetiker Matthew Meyerson, som är vid Dana-Farber Cancer Institute och Broad Institute of MIT och Harvard, spårar de många sätten tumörer orsakar kaos i ordnade celler. Han vill

Snabb biblioteksförberedelse med hög kapacitet för nästa generations sekvensering

Snabb biblioteksförberedelse med hög kapacitet för nästa generations sekvensering

ämnen Kemiska bibliotek Nästa generations sekvensering Abstrakt Framstegen i nästa generations sekvensering har lett till nya metoder för biblioteksförberedelser som är kompatibla med flera sekvenseringsplattformar. Nuvarande metoder (både mekaniska och enzymatiska) står inför begränsningar: flerstegsprotokoll, provförlust, brist på automatisering och arbetskraftskostnader. Med den fo

Mikrobiologi: göra det bästa av PCR-förspänning

Mikrobiologi: göra det bästa av PCR-förspänning

ämnen metagenomik microbiome PCR-baserade tekniker Många faktorer kan snedvrida resultaten från en allmänt använd amplifieringsteknik för mikrobiomanalys, men forskare hittar strategier för att komma till sanningen. Huvudsaklig Föreställ dig att du håller fast vid en flaska vatten som kryper med mikrober - och det är bra, eftersom du gör en folkräkning av de otaliga mikroskopiska invånarna i sjön från vilken du fick det vattnet. Men hur ska du

Små luftvägar-på-ett-chip möjliggör analys av mänsklig lunginflammation och läkemedelssvar in vitro

Små luftvägar-på-ett-chip möjliggör analys av mänsklig lunginflammation och läkemedelssvar in vitro

ämnen cytokiner Lab-on-a-chip Andning Translational research Abstrakt Här beskriver vi utvecklingen av en mänsklig lunga "liten luftväg-på-ett-chip" innehållande ett differentierat, slemhinnorligt bronkiolarepitel och ett underliggande mikrovaskulärt endotel som upplever vätskeflöde, vilket möjliggör analys av lungpatopysiologi på organnivå in vitro . Exponering

Mätet för reproducerbarhet

Mätet för reproducerbarhet

ämnen Biologiska tekniker Forskningsdata En tydlig uppfattning om prestandan - styrkorna men också gränserna - för biologiska forskningsmetoder är avgörande för att generera tillförlitliga data som andra kan reproducera. Att kunna replikera och bygga vidare på andra forskares arbete eller anpassa sina idéer när uppgifterna antyder något annat är en del av berggrunden som stöder den vetenskapliga processen. Men med tank