Metoder (Maj 2020)

Snabb, exakt felkorrigering av amplikonpyrosekvenser med Acacia

Snabb, exakt felkorrigering av amplikonpyrosekvenser med Acacia

ämnen Bioinformatik Mikrobiella samhällen Sequencing Till redaktören: Mikrobiella mångfaldsmätningar baserade på amplikonsekvenssekvenser med hög kapacitet komprometteras av läsfel. Roche 454 GS FLX-titanpyrosquencing är för närvarande den mest använda tekniken för amplikonbaserade mikrobiella samhällsstudier, trots höga homopolymerassocierade insättnings-borttagningsfel 1, 2 . För närvarande

Kvantifiera den lokala upplösningen av kryo-EM-täthetskartor

Kvantifiera den lokala upplösningen av kryo-EM-täthetskartor

ämnen Kryoelektronmikroskopi Bildbehandling proteiner programvara Abstrakt Vi föreslår en definition av lokal upplösning för tredimensionell elektronisk kryo-mikroskopi (kryo-EM) -densitetskartor som använder lokala sinusformade funktioner. Vår algoritm har inga fria parametrar och är tillämplig på andra avbildningsmodaliteter, inklusive tomografi. Genom at

Datavisualisering: tvetydighet som medresenär

Datavisualisering: tvetydighet som medresenär

ämnen Bioinformatik Beräkningsbiologi och bioinformatik Att vara säker är bra; att vara osäker är inte nödvändigtvis dåligt. Forskningsteam arbetar för att göra osäkerheten visuell. Huvudsaklig Data från ett experiment kan verka som bunnsolid. Vid ytterligare undersökning kan uppgifterna förändras till något mycket mindre fast. En knä-ryck rea

ProteomeBinders: planering av en europeisk resurs av affinitetsreagens för analys av det humana proteomet

ProteomeBinders: planering av en europeisk resurs av affinitetsreagens för analys av det humana proteomet

En rättelse till denna artikel publicerades den 1 februari 2007 Den här artikeln har uppdaterats ProteomeBinders är ett nytt europeiskt konsortium som syftar till att upprätta en omfattande resurs med välkarakteriserade affinitetsreagens, inklusive men inte begränsat till antikroppar, för analys av det humana proteomet. Med t

Tillägg: Utforska sekvensdeterminanterna för amyloidstrukturen med hjälp av positionsspecifika poängmatriser

Tillägg: Utforska sekvensdeterminanterna för amyloidstrukturen med hjälp av positionsspecifika poängmatriser

ämnen Proteinaggregering Proteinsekvensering Proteominformatik Den ursprungliga artikeln publicerades den 14 februari 2010 Nat. Metoder 7 , 237–242 (2010); publicerad online 14 februari 2010; tillägg publicerat efter tryck 29 september 2010. Efter publiceringen av vårt papper identifierade vi ett misstag i tabell 1 när det gäller jämförelse av vårt program, Waltz, med programmet 3D-profil 1 (ref. 25 i vår

Plasmider: shoppa i en ålder av gott

Plasmider: shoppa i en ålder av gott

ämnen Cytologiska tekniker Funktionell genomik Solceller Teknologi Att hantera, dela och kontrollera kvaliteten på plasmider kan vara enkelt. Men många tekniker för att sprida dem skalas inte, vilket leder till ideella företag och företag att utforska nya alternativ. Huvudsaklig Det finns många sätt att "handla" efter plasmider, det extrakromosomala, cirkulära DNA som finns i bakterier och vissa eukaryota celler. Plasmid

Ju mindre desto bättre

Ju mindre desto bättre

Biologer intresserar alltmer för enmolekylsätt. I det här numret ger en Focus en biologguide till detta relativt nya fält, och två artiklar visar framsteg inom nanoskalavisualisering. Besök methagora för att se och posta kommentarer på den här artikeln. Förmågan att analysera biologiska system på enmolekylnivå öppnar möjligheter att undersöka som inte är möjliga med hjälp av tekniker som mäter sammansatta egenskaper hos molekylpopulationer. Denna nya utsiktsp

Rättelse: Noggrann identifiering av enstaka nukleotidvarianter i helgenomförstärkta enstaka celler

Rättelse: Noggrann identifiering av enstaka nukleotidvarianter i helgenomförstärkta enstaka celler

Den ursprungliga artikeln publicerades 20 mars 2017 Nat. Metoder 14 , 491–493 (2017); publicerad online 20 mars 2017; korrigerat efter tryck 13 oktober 2017 I den version av denna artikel som ursprungligen publicerades, Lodato, MA et al . Science 350 , 94–98 (2015) (referens 2) citerades som ett exempel på en enkelcells sekvenseringsstudie med höga CG-to-TA-övergångar som tillämpar värmelys. Men det

Thermo Scientific-produkter möjliggör avancerad stamcellsapplikation

Thermo Scientific-produkter möjliggör avancerad stamcellsapplikation

Abstrakt Thermo Scientific Stem Cell Excellence-portföljen innehåller många av de produkter som är viktiga för framgångsrik stamcellsforskning. Produkten i Stem Cell Excellence-portföljen, som används av forskare för att stödja de senaste applikationerna i laboratorier runt om i världen, ger den noggrannhet och pålitlighet som krävs för att stödja detta banbrytande forskningsområde. Här beskriver

Mikroskopi: se igenom vävnad

Mikroskopi: se igenom vävnad

ämnen Cellulär neurovetenskap Fluorescensavbildning Teknologi Vävnadsprover sprider ljus och stänger ut ett djupare blick. Vävnadsrensande medel har ändrat det, men forskare måste överväga att optimera optiken när de använder dessa metoder. Huvudsaklig För att studera orsakerna till hjärtattacker, utvecklade den tyska anatomisten Werner Spalteholz ett sätt att göra hjärtvävnad transparent med en blandning av bensylalkohol och metylsalicylat. Han visade 370

Rättelse: Massivt parallell mutagenes med en enda aminosyra

Rättelse: Massivt parallell mutagenes med en enda aminosyra

Den ursprungliga artikeln publicerades den 5 januari 2015 Nat. Metoder 12 , 203–206 (2015); publicerad online 5 januari 2015; korrigerat efter tryck 10 april 2017 I den version av denna artikel som ursprungligen publicerades var enheten (nM) för dUTP-koncentrationen som beskrivs i avsnittet "Förberedelse av vildtypsmall" i onlinemetoderna felaktig. Rä

Ett intelligent designat svar

Ett intelligent designat svar

Forskare kommer allt oftare att bli uppmanade att diskutera myten om intelligent design som en vetenskaplig teori. Besök methagora för att se och posta kommentarer på den här artikeln. Lite mer än ett år innan vi firar tvåårsdagen av Darwins födelse är anti-Darwin-aktivismen levande och bra. Den mest

Mikrofluidik: på jakt efter en mördningsapplikation

Mikrofluidik: på jakt efter en mördningsapplikation

Företag och akademiska forskare utvecklar fler och fler mikrofluidiska enheter. Men vad de tekniska intressenterna verkligen vill ha är en applikation som kommer att utlösa omfattande antagande av mikrofluidik av biologer. Nathan Blow rapporterar. Fältet för mikrofluidik är nu vid en punkt där sökningen pågår efter en "killerapplikation" - eller en "killerapp" som dator folk skulle säga. Under de

Små RNA: biologins modiga nya värld

Små RNA: biologins modiga nya värld

Liten RNA-upptäckt och profileringsinsatser omformar dramatiskt grundläggande koncept för hur gener regleras och leder till nya verktyg för att studera genfunktion. Dubbelsträngade RNA: s förmåga att tystna gener beskrevs först i Caenorhabditis elegans 1998 - en upptäckt som skulle tjäna Andrew Fire och Craig Mello Nobelpriset 2006 i fysiologi eller medicin. Vår kuns

Borrning i stora cancergenomdata

Borrning i stora cancergenomdata

ämnen Bioinformatik Cancergenomik Att bana vägar genom databerg, konsortier utvecklar arbetsflöden och verktyg för utbrett användning. Huvudsaklig Cancergenetiker Matthew Meyerson, som är vid Dana-Farber Cancer Institute och Broad Institute of MIT och Harvard, spårar de många sätten tumörer orsakar kaos i ordnade celler. Han vill

Snabb biblioteksförberedelse med hög kapacitet för nästa generations sekvensering

Snabb biblioteksförberedelse med hög kapacitet för nästa generations sekvensering

ämnen Kemiska bibliotek Nästa generations sekvensering Abstrakt Framstegen i nästa generations sekvensering har lett till nya metoder för biblioteksförberedelser som är kompatibla med flera sekvenseringsplattformar. Nuvarande metoder (både mekaniska och enzymatiska) står inför begränsningar: flerstegsprotokoll, provförlust, brist på automatisering och arbetskraftskostnader. Med den fo

Mikrobiologi: göra det bästa av PCR-förspänning

Mikrobiologi: göra det bästa av PCR-förspänning

ämnen metagenomik microbiome PCR-baserade tekniker Många faktorer kan snedvrida resultaten från en allmänt använd amplifieringsteknik för mikrobiomanalys, men forskare hittar strategier för att komma till sanningen. Huvudsaklig Föreställ dig att du håller fast vid en flaska vatten som kryper med mikrober - och det är bra, eftersom du gör en folkräkning av de otaliga mikroskopiska invånarna i sjön från vilken du fick det vattnet. Men hur ska du

Små luftvägar-på-ett-chip möjliggör analys av mänsklig lunginflammation och läkemedelssvar in vitro

Små luftvägar-på-ett-chip möjliggör analys av mänsklig lunginflammation och läkemedelssvar in vitro

ämnen cytokiner Lab-on-a-chip Andning Translational research Abstrakt Här beskriver vi utvecklingen av en mänsklig lunga "liten luftväg-på-ett-chip" innehållande ett differentierat, slemhinnorligt bronkiolarepitel och ett underliggande mikrovaskulärt endotel som upplever vätskeflöde, vilket möjliggör analys av lungpatopysiologi på organnivå in vitro . Exponering

Mätet för reproducerbarhet

Mätet för reproducerbarhet

ämnen Biologiska tekniker Forskningsdata En tydlig uppfattning om prestandan - styrkorna men också gränserna - för biologiska forskningsmetoder är avgörande för att generera tillförlitliga data som andra kan reproducera. Att kunna replikera och bygga vidare på andra forskares arbete eller anpassa sina idéer när uppgifterna antyder något annat är en del av berggrunden som stöder den vetenskapliga processen. Men med tank

Var är uppgifterna?

Var är uppgifterna?

ämnen publicering Naturmetoder kräver nu att information om tillgänglighet för data ska levereras med forskningsdokument. Eftersom forskarsamhället omfattar datadelning, kan akademiska tidskrifter göra sitt för att hjälpa. Från och med denna månad kommer alla forskningsdokument som accepteras för publicering i Nature , Nature Methods och 11 andra Nature-titlar att krävas för att inkludera information om och hur läsarna kan få åtkomst till underliggande data. Dessa uttaland

Nascent proteommärkning in vivo

Nascent proteommärkning in vivo

ämnen Proteome Proteomisk analys proteomik Alvarez-Castelao, B. et al . Nat. Biotechnol. 35 , 1196–1201 (2017). Metoder för att märka nyligen syntetiserade proteiner gör det möjligt för forskare att fiska proteiner ut från celler för identifiering med hjälp av tekniker som masspektrometri. Det mutan

Rättelse: Jämförande visualisering av genotyp-fenotyprelationer

Rättelse: Jämförande visualisering av genotyp-fenotyprelationer

Den ursprungliga artikeln publicerades den 30 juli 2015 Nat. Metoder 12 , 698–699 (2015); publicerad online 30 juli 2015; korrigerat efter tryck 24 september 2015 I den version av denna artikel som ursprungligen publicerades utelämnades en finansieringskälla. Författarna erkänner ytterligare finansiering från Medical Research Council (program MC_U142684171). Felet

Torktillstånd, rumstemperaturlagring av DNA och RNA

Torktillstånd, rumstemperaturlagring av DNA och RNA

Abstrakt Vatten förkortar DNA: s hållbarhet. Biosampleintegritet är tveksamt för prover lagrade i en våt miljö på grund av den vedvarande risken för DNA-hydrolys, även vid låg temperatur. GenVault har utvecklat en serie produkter som inkluderar GenPlates ™, GenSolve ™, GenTegra ™ Tubes och GenConnect ™ för att lagra och hantera bioprover torrt och vid rumstemperatur (25 ° C). GenVault förflytta

Masspektrometri: uppspelning

Masspektrometri: uppspelning

Masspektrometri är mer än någonsin i spetsen för funktionell proteomikforskning. Tekniken har kommit långt, men vad håller framtiden för? Nathan Blow får perspektiv, förutsägelser och önskemål från nyckelutvecklare. "Det vi har sett under det senaste decenniet var mestadels förbättringar av befintlig teknik, " säger Franz Hillenkamp från University of Munster. John Yates från

En "grov guide" för publicering

En "grov guide" för publicering

Skicka eller skicka tillbaka ett manuskript - några viktiga steg och beslut på vägen. Besök methagora för att se och posta kommentarer på den här artikeln. Vägen till publicering är en väl slagen väg för vissa forskare men verkar mer som en mörk, omarkerad väg till andra. Det hjälper till att veta vad man kan förvänta sig av peer review (se vår redaktion i maj 2006), men ett antal andra processuella steg orsakar ofta också desorientering. Här är några slin

Masspektrometri för biologer

Masspektrometri för biologer

ämnen Masspektrometri proteomik Masspektrometri-baserad proteomik expanderar fortfarande snabbt, inte bara när det gäller metoder och instrument utan också de biologiska frågorna. Carol Robinson använde först en masspektrometer som tonåring i början av 1970-talet. Hon minns höga spänningar, faror och spänning. "Du k

Variationskällor

Variationskällor

ämnen Forskningsdata Statistiska metoder Abstrakt För att generalisera slutsatser till en befolkning måste vi ta prov på dess variation. Huvudsaklig Variabilitet är oundviklig i experiment på grund av både biologiska och tekniska effekter. Medan teknisk variabilitet bör kontrolleras noggrant för att förbättra resultatens interna giltighet, måste vissa typer av biologisk variabilitet upprätthållas för att möjliggöra generalisering av resultaten till den intressanta befolkningen. Experimentell k

En humaniserad fenotypisk screeningsplattform för kronisk smärta

En humaniserad fenotypisk screeningsplattform för kronisk smärta

ämnen Kronisk smärta Fenotypisk screening Abstrakt Censo Biotechnologies och Cellectricon har gått samman för att utveckla en första-in-kind humaniserad läkemedelsupptäckningsplattform för att rikta kronisk smärta. Plattformen är baserad på mänskligt inducerade pluripotenta stamcell-härledda neuroner i kombination med Cellectricons Cellaxess ® Elektra-screeningssystem. Kombinatione

Strukturell genomik i rampljuset

Strukturell genomik i rampljuset

Strukturella genomikinsatser har stimulerat den fortsatta utvecklingen av nya metoder och tekniker, vilket gynnar ett brett samhälle. Besök methagora för att se och posta kommentarer på den här artikeln. Ett av de många forskningsområdena som fick en kickstart från genomprojekt är det fält som kallas strukturell genomik, den höga kapaciteten för att lösa tredimensionella proteinstrukturer. För närvara

Erratum: Hela kroppens immunoPET avslöjar aktiv SIV-dynamik i viremisk och antiretroviral terapi-behandlade makaker

Erratum: Hela kroppens immunoPET avslöjar aktiv SIV-dynamik i viremisk och antiretroviral terapi-behandlade makaker

Den ursprungliga artikeln publicerades den 9 mars 2015 Nat. Metoder 12 , 427–432 (2015); publicerad online 9 mars 2015; korrigerat efter tryck 11 juni 2015 I den version av denna artikel som ursprungligen publicerades stavades förnamnet på Emmeline L. Blanchard felaktigt som Emeline. Felet har korrigerats i HTML- och PDF-versionerna av artikeln. Fö

Akademisk screening ger hög genomströmning

Akademisk screening ger hög genomströmning

ämnen Näringsliv Screening med hög kapacitet Vetenskapligt samhälle Att skapa effektiva skärmar kräver tid, skepsis och skarpa avvägningar. Forskare vid akademiska screeningscentra skapar analyser för projekt som stora läkemedelsföretag är ovilliga att beröra. Drivkraften för screeningcentret vid University of Dundee, Skottland, kom till exempel från forskare som upptäckte lovande läkemedelsmål men fann att de inte kunde intressera kommersiella partners i program för att behandla parasitinfektioner i utvecklingsvärlden. Medan industrifor

Objektiv jämförelse av partikelspårningsmetoder

Objektiv jämförelse av partikelspårningsmetoder

ämnen Fluorescensavbildning Bildbehandling Mikroskopi Abstrakt Partikelspårning är av avgörande betydelse för kvantitativ analys av intracellulära dynamiska processer från mikroskopi-bilddata för förflutit. Eftersom manuellt detektering och efterföljande av stort antal enskilda partiklar inte är genomförbart har automatiserade beräkningsmetoder utvecklats för dessa uppgifter av många grupper. I syfte att u

Provtagningsfördelningar och bootstrap

Provtagningsfördelningar och bootstrap

ämnen Forskningsdata Abstrakt Startsträngen kan användas för att bedöma osäkerheten i provuppskattningar. Huvudsaklig Vi har tidigare diskuterat vikten av att uppskatta osäkerheten i våra mätningar och införliva den i dataanalys 1 . För att veta i vilken utsträckning vi kan generalisera våra observationer, måste vi veta hur vår uppskattning varierar mellan prover och om den är partisk (systematiskt över- eller underskattande av det verkliga värdet). Tyvärr kan det v

Så du skriver ett papper

Så du skriver ett papper

ämnen publicering Att skriva ett tydligt, exakt och övertygande vetenskapligt dokument är både en konst och en färdighet. Det är ett väl värt att behärska. På sjuttonhundratalet, tidigt i modern experimentell vetenskapshistoria, spriddes upptäckter vanligtvis endast inom en utvald grupp (S. Shapin, A

En HUPO-testprovstudie avslöjar vanliga problem i masspektrometri-baserade proteomik

En HUPO-testprovstudie avslöjar vanliga problem i masspektrometri-baserade proteomik

En rättelse till denna artikel publicerades den 1 juli 2009 Den här artikeln har uppdaterats Abstrakt Vi utförde en testprovstudie för att försöka identifiera fel som ledde till irreproducerbarhet, inklusive ofullständighet av peptidprovtagning, i flytande kromatografi - masspektrometri-baserade proteomik. Vi fö

Screening: fiskarnas ålder

Screening: fiskarnas ålder

ämnen Imaging mikrofluidik Undersökning zebrafisk Framstegen inom mikrofluidik och avbildning, i kombination med några högprofilerade studier, ökar intresset för screening av helorganism. Randall Peterson kom inte in på forskarskoleplanering för att arbeta med sebrafisk. Istället försökte han förstå hur det immunsuppressiva läkemedlet rapamycin interagerar med mTOR, dess däggdjursproteinmål, nu känt för att integrera cellsignaleringsvägar som styr allt från cellmotilitet till proteinsyntes. Under månaderna in

Rättelse: Utnyttja tertiär struktur genom lokala veck för kristallografisk fasering

Rättelse: Utnyttja tertiär struktur genom lokala veck för kristallografisk fasering

Den ursprungliga artikeln publicerades den 15 september 2013 Nat. Metoder 10 , 1099–1101 (2013); publicerad online 15 september 2013; korrigerat efter tryck 5 maj 2014 I den version av denna artikel som ursprungligen publicerades erkände författarna inte alla människor som är involverade i genereringen av den kristallografiska datauppsättningen av AF1503 från A. fulgid

AlphaLISA-immunanalyser: alternativet utan tvätt till ELISA för forskning och läkemedelsupptäckt

AlphaLISA-immunanalyser: alternativet utan tvätt till ELISA för forskning och läkemedelsupptäckt

Abstrakt PerkinElmer's pärlbaserade AlphaLISA ® immunanalyser är utformade för detektion av analytter i biologiska prover. Dessa kemiluminescerande analyser utan tvätt är idealiska för miniaturisering och automatisering. De uppvisar anmärkningsvärd känslighet, brett dynamiskt intervall och robust prestanda som med fördel jämförs med konventionell enzymbunden immunosorbentanalys (ELISA). Huvudsaklig

Proteinteknik: navigera mellan chans och förnuft

Proteinteknik: navigera mellan chans och förnuft

ämnen Kemiska bibliotek Proteinteknik Forskare använder stora bibliotek, fokuserade bibliotek och rationell design för att konstruera användbara proteiner. Proteinteknik har använts för att skapa antikroppsläkemedel, mycket ljusa fluorescerande proteiner och enzymer som minskar giftigt avfall. Genen

Optimerad metod för förberedelse av bibliotek för nästa generations sekvensering

Optimerad metod för förberedelse av bibliotek för nästa generations sekvensering

Abstrakt Tillkomsten av nästa generations sekvensering har möjliggjort genomanalys på tidigare ouppnåeligt djup. Roche, Illumina och Life Technologies har bland annat utvecklat väl etablerade plattformar för djup sekvensering. Oavsett instrument är en av flaskhalsarna för nästa generations sekvensering hur mycket tid och resurser som krävs för mall och biblioteksförberedelse. Här beskri

Kritisk bedömning av metagenome tolkning - ett riktmärke för metagenomics programvara

Kritisk bedömning av metagenome tolkning - ett riktmärke för metagenomics programvara

ämnen Klassificering och taxonomi Beräkningsbiologi och bioinformatik metagenomik Abstrakt Metoder för montering, taxonomisk profilering och binning är nyckeln till att tolka metagenomdata, men en brist på konsensus om benchmarking komplicerar prestationsbedömningen. Den kritiska bedömningen av metagenome tolkning (CAMI) utmaning har engagerat den globala utvecklare gemenskapen att benchmarka sina program på mycket komplexa och realistiska datamängder, genererade från ∼ 700 nyligen sekvenserade mikroorganismer och ∼ 600 nya virus och plasmider och representerar vanliga experimentella uppsättnin

Erratum: Spåra den strukturella dynamiken hos proteiner i lösning med tidsupplöst vidvinkelröntgenspridning

Erratum: Spåra den strukturella dynamiken hos proteiner i lösning med tidsupplöst vidvinkelröntgenspridning

Den ursprungliga artikeln publicerades den 21 september 2008 Nat. Methods 5 , 881–886 (2008); publicerad online 21 september 2008; korrigerat efter tryck 29 september 2008. I den version av denna artikel som ursprungligen publicerades är tidsskalan som rapporteras i figur 2d-legenden felaktig. Rätt tidsskala ska vara 3 μs. Des

Stamceller: sjukdomsmodeller som visar och berättar

Stamceller: sjukdomsmodeller som visar och berättar

ämnen Cell kultur Geninriktning Framkallade pluripotenta stamceller Reportergener Vetenskapligt samhälle Stamceller Abstrakt Att kombinera genredigeringsmetoder med inducerade pluripotenta stamceller är både kraftfullt och knepigt. Huvudsaklig Cellerna såg vackra ut - och det var dåliga nyheter, påminner Clive Svendsen, stamcellforskare och neurobiolog vid Cedars-Sinai Medical Center. Han u

Fokusera på att kartlägga hjärnan

Fokusera på att kartlägga hjärnan

ämnen Imaging neuro~~POS=TRUNC Visualisering av funktionell anslutning i den mänskliga hjärnbarken baserat på data för magnetisk resonansavbildning. Hjärnbild av Joachim Böttger och Daniel Margulies (Max Planck Institute for Human Cognitive and Brain Sciences, Leipzig, Tyskland) med kompositionshjälp av Tobias S. Hoffma

Masspektrometri för kromatinbiologi

Masspektrometri för kromatinbiologi

ämnen kromatin Histonanalys Masspektrometri För att upptäcka nya histonmärken och interaktioner vänder forskare sig till de sofistikerade instrumenten i proteomics. Huvudsaklig Utredare som har för avsikt att spricka en kod kan förbise en annan. Så tillbaka under de dagar då DNA-sekvensen enbart tros innehålla alla cellulära hemligheter, histoner, proteinkärnorna som spolar DNA, avskedades som lite mer än passivt förpackningsmaterial. Nu studeras

Följer ledningarna

Följer ledningarna

Ett Erratum till denna artikel publicerades den 1 januari 2008 Forskare kanske äntligen har utvecklat teknikerna för att rekonstruera kompletta kopplingsscheman för neuronala kretsar i den mänskliga hjärnan. Nathan Blow rapporterar. På 1880-talet började Santiago Ramón y Cajal undersöka strukturen hos den mänskliga hjärnan på cellnivå. Mer än 100

Forskaren och smarttelefonen

Forskaren och smarttelefonen

ämnen Matematik och datoranalys Mobila datorplattformar som iPhone börjar komma in i laboratoriet - seriöst perspektiv eller saga? Besök methagora för att se och posta kommentarer på den här artikeln. En gång i tiden användes telefoner uteslutande för att konversera med andra människor, och datorer körde programvaruprogram. Datorn ble

De novo genomenhet: vad varje biolog bör veta

De novo genomenhet: vad varje biolog bör veta

ämnen Bioinformatik Genommonteringsalgoritmer När fler genom samlas från grunden kämpar forskare för att utvärdera och förbättra deras kvalitet. Huvudsaklig På frågan hur moget området för genommontering är, jämför Ian Korf vid University of California, Davis, det med en tonåring med stora kapaciteter. "Det har

Rättelse: Jämförande analys av RNA-sekvenseringsmetoder för degraderade eller låga inputprover

Rättelse: Jämförande analys av RNA-sekvenseringsmetoder för degraderade eller låga inputprover

ämnen RNA-sekvensering transkriptomik Den ursprungliga artikeln publicerades den 19 maj 2013 Nat. Metoder 10 , 623–629 (2013); publicerad online 19 maj 2013; korrigerats efter 2 december 2013 I den version av denna artikel som ursprungligen publicerades, i avsnittet "Metoder om RNase H-bibliotek", bör meningen som börjar med "Vi har lagt till 5 μl förvärmd RNase H ....&quo

Neurovetenskapliga verktyg: hjärnans insikter

Neurovetenskapliga verktyg: hjärnans insikter

Forskare vid två Bostonbaserade neurovetenskapscentra arbetar med att utveckla nya avbildningsverktyg och teknik i hopp om att upptäcka hemligheterna bakom hur hjärnan fungerar. Under veckan reser Harvard University neurovetenskapsmannen Randy Buckner flera gånger mellan sina två kontor i Boston-området, ett på Martinos Center for Biomedical Imaging i Charlestown och den andra över floden i Cambridge på Harvard University campus. På Mart

Tillbakadragande: Oväntade mutationer efter CRISPR – Cas9-redigering in vivo

Tillbakadragande: Oväntade mutationer efter CRISPR – Cas9-redigering in vivo

Den ursprungliga artikeln publicerades den 30 maj 2017 Nat. Metoder 14 , 547–548 (2017); publicerad online 30 maj 2017; uppdaterad online 14 juni 2017; korrigerat online 25 juli 2017; återkallas 30 mars 2018 Detta papper dras tillbaka eftersom de genomiska varianterna som observerats av författarna i två CRISPR-behandlade möss inte kan tillskrivas CRISPR – Cas9. Uppsat

Nonparametriska test

Nonparametriska test

ämnen Forskningsdata Statistiska metoder En rättelse till denna artikel publicerades den 27 juni 2014 Den här artikeln har uppdaterats Icke-parametriska test jämför jämnt skev eller rangordnad data. Vi har sett att t- testen är robust med avseende på antaganden om normalitet och ekvivalens 1 och därför är allmänt tillämplig. Det finns e

Ring nästa generation av affinitetsreagens

Ring nästa generation av affinitetsreagens

ämnen Antikroppsgenerering Kemiska verktyg Labbliv Teknologi Som komplement till antikroppar inbjuder nya reagens för målproteiner till breda typer av experiment. Huvudsaklig Om bara reagens som antikroppar var enkla att göra, stabila under många år, mångsidig, förnybar och billig och kunde låta forskare fråga poäng proteiner på en gång. Dessa kan l

Jämförelse av prover - del I

Jämförelse av prover - del I

ämnen publicering Forskningsdata Statistiska metoder För att jämföra par med oberoende eller relaterade prover på ett robust sätt kräver olika metoder för t- testen. Bland de vanligaste typerna av experiment är jämförande studier som kontrasterar utfall under olika förhållanden som manliga kontra kvinnliga, placebo kontra läkemedel eller före kontra efter behandling. Analysen av d

Kluster

Kluster

ämnen Data mining Databehandling Clustering hittar mönster i data - oavsett om de är där eller inte. Många biologiska analyser involverar uppdelning av prover eller variabler i kluster på grundval av likhet eller dess omvända avstånd. I en genuttrycksstudie kan vi till exempel söka undergrupper av patienter med liknande uttryck, eller ta ett komplementärt tillvägagångssätt och identifiera liknande uttryckta gener över patienter. Clustering ä

SENSOLUX® fristående version: icke-invasiv bestämning av pH och DO i skakflaskor

SENSOLUX® fristående version: icke-invasiv bestämning av pH och DO i skakflaskor

Abstrakt Bestämningen av tillväxtkinetiska parametrar under tidig processutveckling är av avgörande betydelse. Ju mer information som erhålls, desto fler optimeringsstrategier kan tillämpas för att generera mycket produktiva cellinjer. Den nya SENSOLUX ® -teknologin möjliggör en optisk och icke-invasiv mätning av pH och upplöst syre-mättnad i skakflaskor. Denna tekni

Den bra domaren

Den bra domaren

ämnen Biologiska tekniker publicering Domare tillhandahåller en ovärderlig tjänst när det gäller att främja vetenskapen. Vi erbjuder lite funderare för hur man effektivt kan granska referensmetoder. Som domare vet du att det inte är lätt att bedöma någon annans arbete och tar betydande tid och omsorg. Som förfat

Kvantitativ avbildningscytometri: valfri instrumentering för automatiserad cell- och vävnadsanalys

Kvantitativ avbildningscytometri: valfri instrumentering för automatiserad cell- och vävnadsanalys

ämnen Mobilavbildning Flödescytometri Abstrakt Laserskanningscytometri (LSC) är den valda tekniken för automatiserad, kvantitativ analys med hög genomströmning av heterogena cellprover och vävnadsprover. LSC kompletterar flödescytometri, vilket möjliggör analys av prover bundna till fasta underlag, såsom vidhäftande celler och vävnadsprover. Det förstär