Isme journal (Maj 2020)

Transkriptionella och antagonistiska svar från Pseudomonas fluorescens Pf0-1 till fylogenetiskt olika bakteriekonkurrenter

Transkriptionella och antagonistiska svar från Pseudomonas fluorescens Pf0-1 till fylogenetiskt olika bakteriekonkurrenter

ämnen Bakterie Gemenskapens ekologi Genexpression Mikrobiell ekologi Abstrakt Jordbakteriens förmåga att framgångsrikt konkurrera med en rad andra mikrobiella arter är avgörande för deras tillväxt och överlevnad i den näringsbegränsade markmiljön. I det aktuella arbetet studerade vi beteende och transkriptionella svar från jordbeboande Pseudomonas fluorescens stam Pf0-1 på näringsfattig agar för konfrontation med stammar av tre fylogenetiskt olika bakteriegener, det vill säga Bacillus , Brevundimonas och Pedobacter . Konkurrensen om

Metatranscriptomic analys av autonomt samlat och bevarat marint bakterioplankton

Metatranscriptomic analys av autonomt samlat och bevarat marint bakterioplankton

ämnen Genexpression Mikrobiell biooceanografi transkriptomik Abstrakt Planktonisk mikrobiell aktivitet och samhällsstruktur är dynamisk och kan förändras dramatiskt på tidsskalor från timmar till dagar. Ändå av logistiska skäl är denna temporära skala vanligtvis underprovade i den marina miljön. För att und

Mikrobiell samhällssammansättning i sediment motstår störningar genom näringsberikning

Mikrobiell samhällssammansättning i sediment motstår störningar genom näringsberikning

ämnen Biologisk mångfald biogeokemi Ekosystemets ekologi Mikrobiell ekologi Abstrakt Funktionell redundans i bakteriesamhällen förväntas tillåta mikrobiella sammansättningar att överleva störningar genom att tillåta kontinuitet i funktion trots sammansättningsförändringar i samhällen. Nya bevis tyder emellertid på att mikrobiella samhällen förändrar både sammansättning och funktion som ett resultat av störningar. Vi presenterar bevi

Effekter av provbehandlingar på genomåterhämtning genom encellig genomik

Effekter av provbehandlingar på genomåterhämtning genom encellig genomik

ämnen Bakteriell genomik metagenomik Abstrakt Encellens genomik är ett kraftfullt verktyg för att få tillgång till genetisk information från okultiverade mikroorganismer. Metoder för att hantera prover före encellig genomisk amplifiering kan påverka kvaliteten på de erhållna genomerna. Med användning av tre bakteriestammar visar vi att jämfört med kryokonservering återvinns encellsgenom av lägre kvalitet när provet bevaras i etanol eller om provet genomgår fluorescens in situ hybridisering, medan provkonservering i paraformaldehyd gör det helt olämpligt för sekvensering. Huvudsaklig Relativ

Virus ansamlas i åldrande infektionscentra i en svampskogspatogen

Virus ansamlas i åldrande infektionscentra i en svampskogspatogen

ämnen Mikrobiell ekologi En rättelse till denna artikel publicerades den 20 januari 2015 Den här artikeln har uppdaterats Abstrakt Svampvirus (mykovirus) med RNA-genom antas sakna extracellulära infektionspartiklar. Dessa virus överförs i sidled bland svampstammar genom mycelialanastomoser eller vertikalt via deras infekterade sporer, men lite är känt om deras prevalens och spridningsmönster under naturliga förhållanden. Här under

De artsrika sammansättningarna av tintinnider (marina planktoniska protister) är strukturerade efter munstorlek

De artsrika sammansättningarna av tintinnider (marina planktoniska protister) är strukturerade efter munstorlek

ämnen Biologisk mångfald Mikrobiell ekologi taxonomi Abstrakt Många mikrobiella taxor i det marina planktonet verkar supermättade i artens rikedom. Här tillhandahåller vi en delvis förklaring genom att analysera hur arter är organiserade, arter packning, både vad gäller taxonomi och morfologi. Vi fokus

Anslutningen till ytan bestämmer mångfaldsmönstren i underjordiska akviferer i Fennoscandian-skölden

Anslutningen till ytan bestämmer mångfaldsmönstren i underjordiska akviferer i Fennoscandian-skölden

ämnen Mikrobiella samhällen Ekologiska nätverk Mikrobiell ekologi Den ursprungliga artikeln publicerades den 29 mars 2016 Korrigering till: ISME Journal (2016) 10, XX – XX; doi: 10, 1038 / ismej.2016.36 Uppdaterad online 9 juni 2016: Denna artikel publicerades ursprungligen under NPG: s licens för att publicera, men har nu gjorts tillgänglig under en CC BY-NC-ND 4.0-lice

Likheter och säsongsvariationer i bakteriesamhällen från gnagarnas blod och från deras loppvektorer

Likheter och säsongsvariationer i bakteriesamhällen från gnagarnas blod och från deras loppvektorer

ämnen Gemenskapens ekologi Abstrakt Vektorburen mikrober är föremål för de ekologiska begränsningarna i två distinkta mikromiljöer: den i leddjurvektorn och den i blodet från dess ryggradsvärd. Eftersom strukturen i bakteriesamhällen i dessa två mikromiljöer kan påverka mängden av vektorgrafta mikrober väsentligt, är det viktigt att förstå förhållandet mellan bakteriesamhällen i både mikromiljöer och de bestämningsfaktorer som formar dem. Vi använde pyrosekvensa

Fenologi för pelagiska bakterier med hög höjd: meteorologiska variationer, upptagningsinmatningar och termisk stratifiering i strukturerande samhällen

Fenologi för pelagiska bakterier med hög höjd: meteorologiska variationer, upptagningsinmatningar och termisk stratifiering i strukturerande samhällen

Abstrakt Många eukaryota samhällen uppvisar förutsägbar säsongsbetonning i artsammansättningen, men sådana fenologiska mönster är inte väl dokumenterade i bakteriesamhällen. Denna studie kvantifierade säsongsvariationen i gemenskapens sammansättning av bakterioplankton i en sjö med hög höjd i Sierra Nevada i Kalifornien under en treårsperiod 2004–2006. Bakterieplankton

Lättinducerade transkriptionella svar associerade med proteorhodopsin-förbättrad tillväxt i ett marint flavobacterium

Lättinducerade transkriptionella svar associerade med proteorhodopsin-förbättrad tillväxt i ett marint flavobacterium

ämnen Mikrobiell biooceanografi Mikrobiell ekologi fotobiologi transkriptomik Abstrakt Proteorhodopsin (PR) är ett fotoprotein som fungerar som en lättdriven protonpump i olika marina bakterier och Archaea. Nyligen genomförda studier har föreslagit att PR kan förbättra både tillväxthastighet och utbyte i vissa flavobakterier när de odlas under näringsbegränsande förhållanden i ljuset. Det direkta

Koraller skjuter ut bakterier som en potentiell mekanism för motståndskraft mot anrikning av organiska ämnen

Koraller skjuter ut bakterier som en potentiell mekanism för motståndskraft mot anrikning av organiska ämnen

Abstrakt Att förstå mekanismerna för korallrevs motståndskraft mot antropogena stressfaktorer är ett kritiskt steg mot att mildra deras nuvarande globala nedgång. Korallbakterierföreningar är grundläggande för revhälsa och sjukdom, men direkta observationer av dessa interaktioner är fortfarande i stort sett outforskade. Här använd

Diskriminerande upptäckt och räkning av mikrobiellt liv i marina underjordiska sediment

Diskriminerande upptäckt och räkning av mikrobiellt liv i marina underjordiska sediment

Abstrakt Upptäckt och räkning av mikrobiellt liv i naturliga miljöer ger grundläggande information om biosfärens omfattning på jorden. Emellertid har det länge varit svårt att utvärdera överflödet av mikrobiella celler i sedimentära livsmiljöer eftersom icke-specifik bindning av fluorescerande färgämne och / eller auto-fluorescens från sedimentpartiklar starkt hindrar igenkänningen av cell-härledda signaler. Här visar vi en

Mikroorganismer kvarstår på rekorddjup i bottenvåningen i Canterbury Basin

Mikroorganismer kvarstår på rekorddjup i bottenvåningen i Canterbury Basin

ämnen Biooceanography Mikrobiell ekologi Den ursprungliga artikeln publicerades den 16 januari 2014 Rättelse till: ISME Journal (2014) 8 , 1370–1380; doi: 10, 1038 / ismej.2013.250; publicerad online 16 januari 2014 Sedan publiceringen av denna artikel har det kommit till författarnas uppmärksamhet att studietillträdesnumret deponerat i Sequence Read Archive utelämnades från artikeln. Studien

En intracellulär replikationsnisch för Vibrio cholerae i ameban Acanthamoeba castellanii

En intracellulär replikationsnisch för Vibrio cholerae i ameban Acanthamoeba castellanii

ämnen Bakteriologi Vattenmikrobiologi Abstrakt Vibrio cholerae är en mänsklig patogen och det orsakande medlet av kolera. Denna bakterias uthållighet i vattenmiljöer är ett viktigt epidemiologiskt problem eftersom kolera överförs genom förorenat vatten. Rovdjur, såsom amöber, är de viktigaste reglerna för bakterier i sådana miljöer. Därför unders

Bakteriell mångfald i förhållande till sekundärproduktion och succession på ytor av kelp Laminaria hyperborea

Bakteriell mångfald i förhållande till sekundärproduktion och succession på ytor av kelp Laminaria hyperborea

ämnen Bakteriell sekretion Biologisk mångfald Skogsekologi Mikrobiell ekologi Abstrakt Kelpskogar världen över är kända som hotspots för makroskopisk biologisk mångfald och primärproduktion, men ändå är mycket lite känt om biologisk mångfald och roller som mikroorganismer i dessa ekosystem. Sekundärprod

Mångfald och funktionell analys av luxS-gener i Vibrios från marinsvampar Mycale laxissima och Ircinia strobilina

Mångfald och funktionell analys av luxS-gener i Vibrios från marinsvampar Mycale laxissima och Ircinia strobilina

ämnen Biologisk mångfald Mikrobiell biooceanografi Mikrobiell ekologi Symbios Abstrakt Svampar har mycket olika och täta mikrobiella samhällen, vilket ger en miljö där bakteriell signalering kan vara viktig. Quorum sensing (QS) är en celldensitetsberoende signalprocess som bakterier använder för att koordinera och reglera deras genuttryck. Tidigar

Metabolism på systemnivå av den förändrade Schaedler-floraen, en komplett tarmmikrobiota

Metabolism på systemnivå av den förändrade Schaedler-floraen, en komplett tarmmikrobiota

ämnen Bakterie Mikrobiella samhällen Abstrakt Den förändrade Schaedler-floraen (ASF) är ett mikrobiellt samhälle med både in vivo och in vitro relevans. Här tillhandahåller vi den första karaktären av ASF-gemenskapen in vitro , oberoende av en murin värd. Vi jämförde det funktionella genetiska innehållet i ASF med vilda murina metagenomer och fann att ASF funktionellt representerar vilda mikrobiomer bättre än slumpmässiga konsortier med liknande taxonomisk sammansättning. Vi utvecklade ett

Aktiva kvävefixerande heterotrofa bakterier vid och under kemoklinen i centrala Östersjön

Aktiva kvävefixerande heterotrofa bakterier vid och under kemoklinen i centrala Östersjön

ämnen Biooceanography Mikrobiell ekologi Abstrakt Östersjön får stora kväveinmatningar genom diazotrofisk (N2-fixering) heterocystös cyanobakterier, men betydelsen av heterotrofisk N2-fixering har inte studerats. Här undersöktes mångfalden, överflödet och transkriptionen av nifH- fragmentet av nitrogenasenzymet i två bassänger i Östersjön. N2-fixering m

Fysiologiska och evolutionära studier av NAP-system i Shewanella piezotolerans WP3

Fysiologiska och evolutionära studier av NAP-system i Shewanella piezotolerans WP3

ämnen Bakteriell utveckling Bakteriella gener Bakteriell fysiologi Abstrakt De flesta av Shewanella- arterna innehåller två periplasmiska nitratreduktaser (NAP-a och NAP-β), vilket är ett unikt drag i detta släkte. I den aktuella studien studerades de två NAP-systemens fysiologiska funktion och evolutionära förhållande i djuphavsbakterien Shewanella piezotolerans WP3. Båda WP3

Högre mångfald och överflöd av denitrifierande mikroorganismer i miljöer än tidigare anses

Högre mångfald och överflöd av denitrifierande mikroorganismer i miljöer än tidigare anses

ämnen Jordmikrobiologi Abstrakt Denitrifikation är en viktig process i den globala kvävcykeln. Generna som kodar för NirK och NirS ( nirK och nirS ), som katalyserar reduktionen av nitrit till kväveoxid, har använts som markörgener för att studera den ekologiska beteendet hos denitifierare i miljöer. Konvent

Rumsligt upplöst provtagning avslöjar dynamiska mikrobiella samhällen i stigande hydrotermiska plummar över en bakbågsbassäng

Rumsligt upplöst provtagning avslöjar dynamiska mikrobiella samhällen i stigande hydrotermiska plummar över en bakbågsbassäng

ämnen biogeokemi Mikrobiell ekologi Abstrakt Inom hydrotermiska plummar driver kemosyntetiska processer och mikrob-mineral-interaktioner primär produktivitet i djuphavs livsmedelsbanor och kan påverka transport av element som järn. Källan till mikroorganismer i plummar och faktorerna för hur dessa samhällen samlas förstås emellertid dåligt, delvis på grund av brist på data från tidiga stadier av plommonbildning. I denna stu

Signalmedierad tvärtal modulerar svärmning och bildning av biofilm i en korallpatogen Serratia marcescens

Signalmedierad tvärtal modulerar svärmning och bildning av biofilm i en korallpatogen Serratia marcescens

ämnen Djurens beteende Bakterie Mikrobiell biooceanografi Symbios Abstrakt Interaktioner inom mikrobiella samhällen förknippade med marina holobionter bidrar viktigt till hälsan hos dessa symbiotiska organismer som bildas av ryggradslösa djur, dinoflagellater och bakterier. Mekanismer som kontrollerar invertebratassocierad mikrobiota är emellertid ännu inte helt förstås. Hydrofo

Djurliknande prostaglandiner i marina mikroalger

Djurliknande prostaglandiner i marina mikroalger

ämnen Molekylär ekologi transkriptomik Abstrakt Diatomer är bland de mest framgångsrika primärproducenterna i havs- och sötvattenmiljöer. Som härstammar från en sekundär endosymbiotisk händelse har kiselarter ett blandat genom som innehåller bakterie-, djur- och växtgener som kodar för metaboliska vägar som kan stå för deras evolutionära framgång. Genom att studera

Markerad säsongstid och hög rumslig variation i protistsamhällen i grunt sötvattensystem

Markerad säsongstid och hög rumslig variation i protistsamhällen i grunt sötvattensystem

ämnen Vattenmikrobiologi Abstrakt Små eukaryoter har nyckelroller i akvatiska ekosystem och påverkar deras lokala miljö, globala biogeokemiska cykler och klimat. Deras påverkan beror på samhällsstrukturen, som varierar med tiden. Mycket få studier tar dock hänsyn till temporär variation. Detta är särskilt sant för små grunt sötvattensystem, som förblir till stor del undersudierade trots sin stora variation, global yta och intensiv mikrobiell aktivitet. Vi har varje m

Svampsamhällen från metanhydratbärande djuphavssediment i marina havet i Sydkinesiska havet

Svampsamhällen från metanhydratbärande djuphavssediment i marina havet i Sydkinesiska havet

Abstrakt För att belysa svampdiversiteten i metanhydratbärande djuphavssediment i marina havet i Sydkinesiska havet, amplifierades internt transkriberade spacer (ITS) -regioner av rRNA-gener från fem olika DNA-prover av sediment och fylogenetiskt analyserades. Totalt fem ITS-bibliotek konstruerades och 413 kloner valdes slumpmässigt grupperades i 24 restriktionsmönster genom Amplified Ribosomal DNA Restriction Analyse (ARDRA). ITS

Mycket strukturerade prokaryotsamhällen finns inom skelettet hos koralkolonierna

Mycket strukturerade prokaryotsamhällen finns inom skelettet hos koralkolonierna

ämnen Biologisk mångfald Miljömikrobiologi Mikrobiell ekologi microbiome Abstrakt Fysiologisk prestanda, sjukdom och blekningsutbredning är ofta fläckig i enskilda koralkolonier. Dessa svar påverkas till stor del av korallassocierade mikrober, men hur korallmikrobiomet förändras över små rumsliga skalor har aldrig kvantifierats tidigare. Vi utför

Metaboliskt fotavtryck av epifytiska bakterier på Arabidopsis thaliana-blad

Metaboliskt fotavtryck av epifytiska bakterier på Arabidopsis thaliana-blad

ämnen Arabidopsis thaliana metabolomik Mikrobiell ekologi Växtfysiologi Abstrakt Fyllosfären, som definieras som delarna av markväxter ovanför marken, är en stor livsmiljö för olika mikroorganismer som visar en hög grad av anpassning till deras miljö. Ett antal hypoteser genererades genom kulturoberoende funktionella genomikstudier för att förklara specialiserade bakteriers konkurrenskraft i phylosfären. Däremot sak

Ovanlig metabolisk mångfald av hyperalkalifiliska mikrobiella samhällen förknippade med underjordisk serpentinisering vid The Cedars

Ovanlig metabolisk mångfald av hyperalkalifiliska mikrobiella samhällen förknippade med underjordisk serpentinisering vid The Cedars

ämnen Biologisk mångfald biogeokemi Abstrakt Vatten från Cedars-fjädrarna som släpps ut från serpentiniserade ultramafiska bergarter har mycket basiska (pH = ~ 12), mycket reducerande ( E h <−550 mV) förhållanden med låga joniska koncentrationer. Dessa förhållanden gör fjädrarna exceptionellt utmanande för livet. Här rapportera

Mixotrofiska haptofyter är viktiga bakterieväxter i oligotrofiska kustvatten

Mixotrofiska haptofyter är viktiga bakterieväxter i oligotrofiska kustvatten

ämnen Biooceanography Mikrobiell ekologi Abstrakt Betygshastighetsuppskattningar indikerar att ungefär hälften av bakterivorien i oligotrofiska hav beror på mixotrofiska flagellater (MF). De flesta uppskattningarna har dock betraktat alger som en enda grupp. Här syftade vi till att öppna svartboxen för fytoflagellater (PF) <20 μm. Haptof

Stresttolerans hos växter via habitatanpassad symbios

Stresttolerans hos växter via habitatanpassad symbios

Abstrakt Vi demonstrerar att infödda gräsarter från kust- och geotermiska livsmiljöer kräver symbiotiska svampendofyter för salt respektive värmetolerans. Symbiotiskt överförd stresstolerans är ett livsmiljöspecifikt fenomen med geotermiska endofyter som ger värme men inte salttolerans, och kystendofyter som ger salt men inte värmetolerans. Samma svamp

Svampsamhället på sönderfall av lövkull genomgår snabba successiva förändringar

Svampsamhället på sönderfall av lövkull genomgår snabba successiva förändringar

ämnen Ekosystemets ekologi Skogsekologi Svamp ekologi Abstrakt Svampar anses vara de primära sönderdelarna av död växtbiomassa i markjordiska ekosystem. Men nuvarande kunskap om successiva förändringar i svampsamhällen under sönderfall av kull är begränsad. Här undersökte vi utvecklingen av svampsamhället under 24 månaders sönderfall av skräp i en tempererad skog med dominerande Quercus petraea med användning av 454-pyrosquencing av svampens interna transkriberade spacer (ITS) -region och cellobiohydrolas I ( cbhI ) gener, som kodar exocellulaser, till specifikt adressera cellulosa sönderdelare

Magnetosominnehållande bakterier som lever som symbionter av musslor

Magnetosominnehållande bakterier som lever som symbionter av musslor

ämnen metagenomik Symbios Abstrakt Bakterier som innehåller magnetosomer (proteinbundna nanopartiklar av magnetit eller greigit) är vanliga för många sedimentära livsmiljöer, men har aldrig hittats tidigare att leva i en annan organisme. Här visar vi att oktaedriska inneslutningar i de extracellulära symbionterna av den marina bivalven Thyasira jfr. gouldi

Korsdjupanalys av marina bakterienät föreslår nedåtgående förökning av temporära förändringar

Korsdjupanalys av marina bakterienät föreslår nedåtgående förökning av temporära förändringar

ämnen Mikrobiell ekologi Abstrakt Interaktioner mellan mikrober och stratifiering över djupet tros båda vara viktiga drivkrafter för mikrobiella samhällen, men lite är känt om hur mikrobiella föreningar skiljer sig mellan och över djupet. Vi har övervakat det frittlevande mikrobiella samhället på San Pedro Ocean Time-seriestationen, varje månad, i ett decennium, på fem olika djup: 5 m, det djupa maximala klorofyllskiktet, 150 m, 500 m och 890 m (precis ovanför havsbotten). Här introduce

Riktad montering av ett bakteriekvorum

Riktad montering av ett bakteriekvorum

ämnen Tillämpad mikrobiologi Abstrakt Många rapporter har klargjort mekanismerna och konsekvenserna av bakteriell kvorumavkänning (QS), ett molekylärt kommunikationssystem genom vilket bakterieceller räknar upp sin celldensitet och organiserar kollektivt beteende. I några få fall har antalet bakterier som uppvisar detta kollektiva beteende emellertid rapporterats, antingen som en talkoncentration eller en bråkdel av helheten. Inte al

Järn biotillgänglighet till fytoplankton: en empirisk strategi

Järn biotillgänglighet till fytoplankton: en empirisk strategi

ämnen Biooceanography Mikrobiell ekologi Abstrakt Fytoplankton begränsas ofta av järn i vattenmiljöer. Här undersöker vi Fe-biotillgänglighet till fytoplankton genom att analysera järnupptag från olika Fe-substrat med flera arter av fytoplankton som odlats under betingelser av Fe-begränsning och jämföra uppmätta konstanter för upptagshastighet (Fe upptagningshastighet / substratkoncentration). När icke-kel

Antagonism påverkar sammansättningen av ett Bacillus-guild i ett lokalt samhälle och avbildas som ett matkedjanätverk

Antagonism påverkar sammansättningen av ett Bacillus-guild i ett lokalt samhälle och avbildas som ett matkedjanätverk

ämnen Bakterie Matväv Abstrakt Att förstå principerna som styr samfundssamlingar är ett centralt mål för ekologi. Det finns begränsade experimentella bevis i naturliga miljöer som visar att mikrobiell sammansättning i samhällen påverkas av antagonistiska interaktioner. Vi analyserade därför antagonism bland bakterieisolat från ett taxonomiskt besläktat bakteriegilde erhållet från fem platser i sediment från ett sötvattensystem. Vi ansåg att om an

Jämförande genomik av två ekotyper av den marina planktoniska kopiotrofen Alteromonas macleodii antyder alternativa livsstilar förknippade med olika typer av partikelformigt organiskt material

Jämförande genomik av två ekotyper av den marina planktoniska kopiotrofen Alteromonas macleodii antyder alternativa livsstilar förknippade med olika typer av partikelformigt organiskt material

Abstrakt Alteromonas macleodii är en vanlig marin heterotrofisk y-proteobacterium. Isolerar från detta mikrobe-kluster genom molekylanalys i två huvudsakliga genotypiska grupper eller ekotyper, en som finns i tempererade breddegrader i den övre vattenspelaren och en annan som till största delen finns i djupvattenspelaren i Medelhavet. Här

Rhizobitoxine-producenter får mer poly-3-hydroxibutyrat i symbios än konkurrerande rhizobia, men minskar växttillväxten

Rhizobitoxine-producenter får mer poly-3-hydroxibutyrat i symbios än konkurrerande rhizobia, men minskar växttillväxten

Abstrakt Baljväxtsanktioner mot rhizobia som fixar mindre kväve bör utöva ett starkt urval för mer gynnsamma genotyper av rhizobia, men stammar som ger liten värdfördel är vanliga. En orsak kan vara att vissa rhizobia kemiskt manipulerar värden, vilket undergräver sanktionernas effektivitet. Här visa

Kemiska dispergeringsmedel ökar aktiviteten hos olje- och gaskondensatnedbrytande marina bakterier

Kemiska dispergeringsmedel ökar aktiviteten hos olje- och gaskondensatnedbrytande marina bakterier

ämnen metagenomik Mikrobiell ekologi Nästa generations sekvensering transkriptomik Abstrakt Applicering av kemiska dispergeringsmedel på oljeutsläpp i den marina miljön är en vanlig praxis att sprida olja i vattenspelaren och stimulera biologisk nedbrytning av olja genom att öka dess biotillgänglighet till inhemska bakterier som kan naturligt metabolisera kolväten. I samba

Iskärnbildning aktiva bakterier i utfällning är genetiskt mångfaldig och kärnbild is genom att använda olika mekanismer

Iskärnbildning aktiva bakterier i utfällning är genetiskt mångfaldig och kärnbild is genom att använda olika mekanismer

ämnen Luftmikrobiologi Bakteriologi Biologisk mångfald Abstrakt En växande kropp av omständighetsbevis tyder på att iskärnbildning aktiva (Ice + ) bakterier bidrar till initiering av nederbörd genom heterolog frysning av superkylt vatten i moln. Det är dock lite känt om koncentrationen av Ice + -bakterier i utfällning, deras genetiska och fenotypiska mångfald och deras förhållande till luftmassabanor och utfällningskemi. I denna stud

Yersinia pestis-infektion och laboratorietillstånd förändrar loppassocierade bakteriesamhällen

Yersinia pestis-infektion och laboratorietillstånd förändrar loppassocierade bakteriesamhällen

ämnen Bakteriell värdsvar Bakteriell infektion Mikrobiell ekologi Abstrakt Vi samlade Oropsylla montana från sten ekorrar, Spermophilus varigatus och infekterade en delmängd av uppsamlade loppor med Yersinia pestis , det etiologiska medlet för pesten. Vi använde bar-taggade DNA-pyrosekvenser för att karakterisera bakteriesamhällen av vilda, oinfekterade kontroller och infekterade loppor. Bakter

Genomegenskaper hos en generalistisk marinbakterielinje

Genomegenskaper hos en generalistisk marinbakterielinje

ämnen Evolutionär ekologi Marin mikrobiologi Phylogenomics Abstrakt Medlemmar i den marina Roseobacter-linjen har karakteriserats som ekologiska generalister, vilket tyder på att det kommer att finnas utmaningar när det gäller att tilldela väl avgränsade ekologiska roller och biogeokemiska funktioner till taxon. För a

Protists och bakteriers mångfald bestämmer predationsprestanda och stabilitet

Protists och bakteriers mångfald bestämmer predationsprestanda och stabilitet

ämnen Bakterie Matväv Mikrobiell ekologi Abstrakt Predation påverkar bytesdiversiteten och produktiviteten medan det påverkar flödet och omfördelningen av organiska näringsämnen till biomassa vid högre trofiska nivåer. Det är emellertid okänt hur bakterivorösa protister påverkas av mångfalden i deras bakteriebyte. Med användnin

Fenotypisk plasticitet i heterotrofiska marina mikrobiella samhällen i kontinuerliga kulturer

Fenotypisk plasticitet i heterotrofiska marina mikrobiella samhällen i kontinuerliga kulturer

ämnen Mikrobiell ekologi Abstrakt Fenotypisk plasticitet (PP) är utvecklingen av alternativa fenotyper av en given taxon som anpassning till miljöförhållandena. Metodologiska begränsningar har begränsat kvantifieringen av PP till mätning av några få egenskaper hos enstaka organismer. Vi använde metatranscriptomic-bibliotek för att övervinna dessa utmaningar och uppskatta PP genom att använda de uttryckta generna från flera heterotrofa organismer som ett fullmakt för egenskaper i ett mikrobiellt samhälle. Metatranscripto

Virocellkonceptet och miljömikrobiologi

Virocellkonceptet och miljömikrobiologi

ämnen Miljömikrobiologi virologi Det stora virus-comebacket Uppräkning av virala partiklar i miljöprover med fluorescenselektronmikroskopi och transmissionselektronmikroskopi har antydt att virus representerar de mest omfattande biologiska enheterna på vår planet. Dessutom har metagenomiska analyser med fokus på virus (viromer) visat att virala genomer är en stor reservoar med ny genetisk mångfald (Kristensen et al., 2010;

Överflöd, sammansättning, mångfald och nyhet i jordens proteinbakterier

Överflöd, sammansättning, mångfald och nyhet i jordens proteinbakterier

Abstrakt RRNA-genundersökningar med liten underenhet (16S) som genererar 16S-rRNA-kloner i full längd erbjuder en unik möjlighet för djup fylogenetisk analys för att belysa mångfalden inom olika stora bakteriefilter som stöds i jord. Denna studie erbjuder en detaljerad fylogenetisk analys av de Proteobacteria- associerade klonerna identifierade från 13 001 nästan i full längd 16S rRNA-genkloner härledda från Oklahoma höggräs präriejord. Proteobakteri

Länkar mellan växter och svampsamhällen över en avskogning kronosekvens i Amazonas regnskog

Länkar mellan växter och svampsamhällen över en avskogning kronosekvens i Amazonas regnskog

ämnen Biologisk mångfald Gemenskapens ekologi Svamp ekologi Växtekologi En rättelse till denna artikel publicerades den 24 juni 2014 Den här artikeln har uppdaterats Abstrakt Att förstå samspelet mellan mikrobiella samhällen, växtsamhällen och markegenskaper efter avskogning kan ge insikt om de långsiktiga effekterna av ändring av markanvändning på ekosystemfunktioner och kan hjälpa till att identifiera metoder som främjar återhämtningen av nedbrutna platser. Vi kombinerade s

Oväntade genomiska funktioner hos utbredda intracellulära bakterier: bevis för rörlighet hos marin klamydia

Oväntade genomiska funktioner hos utbredda intracellulära bakterier: bevis för rörlighet hos marin klamydia

ämnen Bakteriell utveckling Bakteriell genomik Symbios Abstrakt Klamydiaer är obligatoriska intracellulära bakterier som innehåller viktiga mänskliga patogener och symboler av protister. Molekylär bevis tyder på en enorm mångfald av klamydier, särskilt i marina miljöer, men vår nuvarande kunskap baseras huvudsakligen på markrepresentanter. Här tillha

Genomiska insikter till SAR86, en rik och okultiverad marin bakteriell avstamning

Genomiska insikter till SAR86, en rik och okultiverad marin bakteriell avstamning

Abstrakt Bakterier i 16S rRNA-clade SAR86 är bland de vanligaste okultiverade beståndsdelarna av mikrobiella sammansättningar i ythavet för vilket lite genomisk information för närvarande finns tillgänglig. Bioinformatiska tekniker användes för att sammansätta två nästan fullständiga genom från marina metagenomer och enkelcellsekvensering gav ytterligare två partiella genom. Rekrytering a

"Svampspecifika" bakterier är utbredda (men sällsynta) i olika marina miljöer

"Svampspecifika" bakterier är utbredda (men sällsynta) i olika marina miljöer

ämnen Biologisk mångfald Marin mikrobiologi Abstrakt Många studier har rapporterat förekomsten av svampspecifik 16S ribosomal RNA (rRNA) -gen-sekvenskluster, som representerar bakterier som finns i svampar men inte upptäcks i andra miljöer, t.ex. havsvatten. Tillkomsten av djupa sekvenseringstekniker tillåter oss att undersöka den sällsynta mikrobiella biosfären för att fastställa om dessa bakterier verkligen är svampspecifika, eller är mer spridda men bara i överflöd under detektionsgränsen för konventionella molekylära metoder. Vi screenade>

Uttryck på plats av eukaryota isbindande proteiner i mikrobiella samhällen i Arktis och Antarktis

Uttryck på plats av eukaryota isbindande proteiner i mikrobiella samhällen i Arktis och Antarktis

ämnen Mikrobiella samhällen Sequencing Vattenmikrobiologi Abstrakt Isbindande proteiner (IBP) har isolerats från olika havsorganismer. Deras karaktärisering pekar på en avgörande roll för att skydda organismerna i miljöer under noll. Emellertid är deras överflöd på plats och mångfald i naturliga mikrobiella samhällssamhällen till stor del okänd. I denna studie

Evolutionsanalys av en strömlinjeformad avstamning av ytoros Roseobacters

Evolutionsanalys av en strömlinjeformad avstamning av ytoros Roseobacters

ämnen Bakteriell genomik Marin mikrobiologi Phylogenetics Abstrakt Det stora flertalet av ytan havsbakterier är odlade. Jämfört med sina odlade släktingar uppvisar de ofta ett strömlinjeformat genom, reducerat G + C-innehåll och distinkt genrepertoar. Dessa genomiska egenskaper är relevanta för miljöanpassning och har allmänt trott vara fixerade i marina bakteriepopulationer genom selektion. Med hjälp

Differentialbidrag av ammoniakoxidationsmedel och nitritoxideringsmedel till nitrifikation i fyra paddyjordar

Differentialbidrag av ammoniakoxidationsmedel och nitritoxideringsmedel till nitrifikation i fyra paddyjordar

ämnen Jordmikrobiologi Abstrakt Risfältfält kännetecknas av regelbunden översvämning och kvävebefruktning, men den funktionella betydelsen av aeroba ammoniakoxidatorer och nitritoxidatorer under unik jordbrukshantering är dåligt förstås. I denna studie rapporterar vi de differentiella bidragen från ammoniakoxiderande archaea (AOA), bakterier (AOB) och nitritoxiderande bakterier (NOB) till nitrifikation i fyra paddyjordar från olika geografiska regioner (Zi-Yang (ZY), Jiang- Du (JD), Lei-Zhou (LZ) och Jia-Xing (JX)) som är representativa för risekosystemen i Kina. I urea-ändrad

Den biologiska mångfalden hos bentiska mikrobiella samhällen i bioturberade kustsediment styrs av geokemiska mikroniker

Den biologiska mångfalden hos bentiska mikrobiella samhällen i bioturberade kustsediment styrs av geokemiska mikroniker

Abstrakt Vi använde en kombination av fält- och laboratoriemetoder för att ta itu med hur bioturbationsaktiviteten för två kräftdjur, spöksräka Neotrypaea californiensis och fiolkrabban Uca crenulata , påverkar den mikrobiella mångfalden i havsbotten i en kustlagun (Catalina Harbour, Santa Catalina Island, CA, USA). Detaljer

En sällsynt SAR11-fosmidklon som bekräftar genetisk variation i genomet "Candidatus Pelagibacter ubique"

En sällsynt SAR11-fosmidklon som bekräftar genetisk variation i genomet "Candidatus Pelagibacter ubique"

Abstrakt En sekvensanalys beskrivs av en fosmidklon från ett marint metagenomiskt kustbibliotek som innehåller en 16S rRNA-gen med hög sekvenslikhet med SAR11-bakterien ' Candidatus Pelagibacter ubique' HTCC1062. Sekvensen för fosmidklonen var 32 086 bp i längd och innehöll 23 187 bp av den hyper-variabla regionen 2 kb (HVR2) som var närvarande i genomet Cand . P. ub

Genomisk rekonstruktion av flera linjer av okulturerad bentisk archaea antyder tydliga biogeokemiska roller och ekologiska nischer

Genomisk rekonstruktion av flera linjer av okulturerad bentisk archaea antyder tydliga biogeokemiska roller och ekologiska nischer

ämnen arkéer Miljömikrobiologi Mikrobiell ekologi En rättelse till denna artikel publicerades den 21 mars 2017 Abstrakt Genomiska fack som tillhörde flera archaeala linjer utvanns från distinkta redoxregimer i sediment av White Oak River mynning. De rekonstruerade archaealgenomen identifierades som tillhörde risgruppens undergrupper III och V (RC-III, RC-V), Marine Benthic Group D (MBG-D) och en nybeskriven archaeal klass, Theionarchaea. Metab

Betydande CO2-fixering av små prymnesiofyter i det subtropiska och tropiska nordöstra Atlanten

Betydande CO2-fixering av små prymnesiofyter i det subtropiska och tropiska nordöstra Atlanten

ämnen Mikrobiell biooceanografi Mikrobiell ekologi Den ursprungliga artikeln publicerades den 15 april 2010 Rättelse till: ISME Journal (2010) 4 , 1180–1192; doi: 10.1038 / ismej.2010.36 Sedan publiceringen av denna artikel har författarna lagt märke till att enheterna för de biomassaspecifika hastigheterna för CO 2 -fixering är felaktiga (till exempel i tabell 2 och figur 4). Enheter

Druvmassa kompost har organohalide-respirerande Dehalogenimonas arter med nya reduktiva dehalogenas gener

Druvmassa kompost har organohalide-respirerande Dehalogenimonas arter med nya reduktiva dehalogenas gener

ämnen Tillämpad mikrobiologi Föroreningsrensning Jordmikrobiologi Abstrakt Organohalid-respirerande bakterier har nyckelroller i den naturliga klorcykeln; dock är det mesta av den nuvarande kunskapen baserad på kulturer från förorenade miljöer. Vi demonstrerar att druvmassekompost utan tidigare exponering för klorerade lösningsmedel har en Dehalogenimonas ( Dhgm ) -art som kan använda klorerade etener, inklusive humant karcinogen och vanliga grundvattenförorenande vinylklorid (VC) som elektronacceptorer. Druvpomace

Det alkaliska fosfataset PhoX distribueras mer i marina bakterier än den klassiska PhoA

Det alkaliska fosfataset PhoX distribueras mer i marina bakterier än den klassiska PhoA

Abstrakt Fosfor (P) är ett viktigt näringsämne för alla levande organismer och kan kontrollera tillväxten av bakterier i havet. Bakterier inducerar alkaliska fosfataser när oorganiskt fosfat (Pi) är otillräckligt för att uppfylla deras P-krav, och därför har massa av alkaliska fosfatasaktivitetsmätningar använts för att bedöma P-status för mikrobiella sammansättningar. I denna studie

Ekosystemets motståndskraftsförmåga: långsiktigt dämpning av föroreningar i undergrunden stöder en dynamisk mikrobiell gemenskap

Ekosystemets motståndskraftsförmåga: långsiktigt dämpning av föroreningar i undergrunden stöder en dynamisk mikrobiell gemenskap

Abstrakt Ansvaret för grundvattenekosystem att återhämta sig från föroreningar med organiska kemikalier (i detta fall kolavfallsavfall) är av avgörande oro för forskare och ingenjörer som hanterar förorenade platser. De mikrobiellt medierade saneringsprocesserna är också av intresse för ekologer eftersom de är en viktig mekanism för ekosystemens motståndskraft. I den här stud

Resursuppdelning i förhållande till samliv av Lactobacillus-arter i musens skogsmak

Resursuppdelning i förhållande till samliv av Lactobacillus-arter i musens skogsmak

Abstrakt Filogenetisk analys av tarmsamhällen hos ryggradsdjur är framskriden, men förhållandena, särskilt på trofisk nivå, mellan kommensaler som delar tarmens livsmiljöer i monogastriska djur har inte undersökts i någon utsträckning. Lactobacillus reuteri- stam 100–23 och Lactobacillus johnsonii- stam 100–33 sambo i mössens skogsmag. Enligt princip

Insikter i metabolism, livsstil och förmodad evolutionär historia för den nya archaeal phylum 'Diapherotrites'

Insikter i metabolism, livsstil och förmodad evolutionär historia för den nya archaeal phylum 'Diapherotrites'

ämnen Archaeal genomics Abstrakt Den archaeala filylen "Diapherotrites" föresloges nyligen baserat på fylogenomisk analys av genom som utvunnits från ett underjordiskt vattensläp i en övergiven guldgruva (Homestake mine i Lead, SD, USA). Här presenterar vi en detaljerad analys av metaboliska förmågor och genomiska funktioner hos tre enskilda amplifierade genomer (SAG) som tillhör "Diapherotrites". Den mest

Höga mängder denitrifikation och nitratborttagning i kallt sippande sediment

Höga mängder denitrifikation och nitratborttagning i kallt sippande sediment

ämnen biofilmer biogeokemi Mikrobiell biooceanografi Abstrakt Vi mätte denitrifikations- och nitratborttagningsgraden i kalla sippesediment från Mexikanska golfen. Heterotrofiska potentiella denitrifikationshastigheter analyserades i tidsserieinkubationer. Ytbara sediment bebodda av Beggiatoa uppvisade högre heterotrofisk potential denitrifikationsgrader (32 μ MN reducerad dag −1 ) än djupare sediment (11 μ MN reducerad dag −1 ). Nitratavl

Störning av rotkoltransport till skogshumus stimulerar svampmöjligheter på bekostnad av mykorrhizala svampar

Störning av rotkoltransport till skogshumus stimulerar svampmöjligheter på bekostnad av mykorrhizala svampar

ämnen Skogsekologi Svamp ekologi Abstrakt Ektomykorrhizala svampar dominerar humuskikten i boreala skogar. De är beroende av kolhydrater som translokeras genom rötter, via svampmycelium till mikrositer i jorden, där de foder efter näringsämnen. Mykorrhizala svampar är därför känsliga för störande störningar som kan begränsa deras koltillförsel. Genom att avb

Habitatstress initierar förändringar i sammansättning, CO2-utbyte och C-allokering som livsdrag i biologiska jordskorpor

Habitatstress initierar förändringar i sammansättning, CO2-utbyte och C-allokering som livsdrag i biologiska jordskorpor

ämnen ekofysiologi Jordmikrobiologi Abstrakt Biologiska jordskorpor (BSC) är den dominerande funktionella vegetationsenheten i några av de hårdaste livsmiljöerna i världen. Vi bedömde BSC-svar på stress genom förändringar i biotisk sammansättning, CO 2 -gasutbyte och kolallokering i tre lavdominerade BSC från livsmiljöer med olika stressnivåer, två mer extrema platser i Antarktis och en måttlig plats i Tyskland. Maximal netfot

Metanmatade mikrobiella mikrokosmos visar differentiell samhällsdynamik och fastställande av taxa som är involverade i kommunalt svar

Metanmatade mikrobiella mikrokosmos visar differentiell samhällsdynamik och fastställande av taxa som är involverade i kommunalt svar

ämnen Vattenmikrobiologi Abstrakt Vi rapporterar observationer om dynamiken i bakteriesamhällen som svar på metanstimulus i laboratoriemikrokosmosinkubationer beredda med sjösedimentprover. Vi mätte först taxonomiska kompositioner av långsiktiga anrikningskulturer och fastställde att även om de dominerades av Methylococcaceae- typer, innehöll dessa kulturer också åtföljande typer som tillhör ett begränsat antal bakteriella taxor, metylotrofer och icke-metylotrofer. Vi följde sed

En naturlig luktattraktion mellan mjölksyrabakterier och nematoden Caenorhabditis elegans

En naturlig luktattraktion mellan mjölksyrabakterier och nematoden Caenorhabditis elegans

ämnen Molekylär ekologi Abstrakt Djurens rovdjur kan spåra byten med hjälp av sin inre luktkänsla. Den bakteriovorösa nematoden Caenorhabditis elegans använder känsliga lukt sensoriska nervceller som uttrycker ryggradsliknande luktreceptorer för att lokalisera bakterier. C. elegans visar luktrelaterade beteenden som attraktion, aversion och anpassning, men den ekologiska betydelsen av dessa beteenden är inte känd. Med hjälp

Metatranscriptomic analyser av klorofototrofer av en varmkälla mikrobiell matta

Metatranscriptomic analyser av klorofototrofer av en varmkälla mikrobiell matta

ämnen ekofysiologi Mikrobiell ekologi Fotosyntes transkriptomik Abstrakt Den fototrofiska mikrobiella mattsamhället av Mushroom Spring, en alkalisk kiselhaltig varm källa i Yellowstone National Park, studerades med metatranscriptomic metoder. RNA extraherades från mattprover samlade vid fyra tidpunkter under ljus-till-mörka och mörka-till-ljus-övergångar i en diel-cykel, och dessa RNA-prover analyserades med både pyrosekvenser och SOLiD-teknologier. Pyrosqu

Mikrobiomet i slem på korallytan har en nyckelroll i att medla holobionts hälsa och överlevnad vid störningar

Mikrobiomet i slem på korallytan har en nyckelroll i att medla holobionts hälsa och överlevnad vid störningar

ämnen Mikrobiell ekologi Abstrakt Mikrober är välkända medlemmar i korallholobiont. Det är dock lite känt om den kortsiktiga dynamiken i slemassocierade mikrobiella samhällen under naturliga förhållanden och efter störningar, och hur dessa dynamik relaterar till värdens hälsa. Här undersökte vi den naturliga variationen i prokaryotiska samhällen (baserat på 16S ribosomal RNA-genamplicon-sekvensering) associerade med ytslimskiktet (SML) hos Porites astreoides, en art som uppvisar cykliskt slem åldrande och slöseri. Förändringar i d

Hydrogenaschipet: en sida vid sida oligonukleotid-DNA-mikromatikteknik för att karakterisera väteproducerande och -förbrukande mikrober i mikrobiella samhällen

Hydrogenaschipet: en sida vid sida oligonukleotid-DNA-mikromatikteknik för att karakterisera väteproducerande och -förbrukande mikrober i mikrobiella samhällen

Abstrakt Vi utvecklade en omfattande metod för att identifiera viktiga väteproducerande och konsumera mikroorganismer genom analys av vätegenasinnehåll och uttryck i komplexa anaeroba mikrobiella samhällen. Metoden är baserad på en sida vid sida hydratasgen oligonukleotid-DNA-mikroarray (Hydrogenas Chip), som implementerar ett stort antal sönder per gen genom att luta sond-sekvenser över gener av intresse vid 1, 67 × -2 × täckning. Denna desi

Synbiotiskt tillvägagångssätt återställer tarmhomeostas och förlänger överlevnaden hos leukemiska möss med kachexi

Synbiotiskt tillvägagångssätt återställer tarmhomeostas och förlänger överlevnaden hos leukemiska möss med kachexi

ämnen Tarmsjukdomar microbiome Abstrakt Cancercachexi är ett multifaktoriellt syndrom som inkluderar muskelavfall och inflammation. Eftersom tarmmikrober påverkar värdens immunitet och ämnesomsättning undersökte vi tarmmikrobiotaens roll i den terapeutiska hanteringen av cancer och tillhörande kakexi. En sam

Evolutionär konvergens i experimentella Pseudomonas-populationer

Evolutionär konvergens i experimentella Pseudomonas-populationer

ämnen Bakteriell genetik biofilmer Evolution Abstrakt Model mikrobiella system ger möjlighet att förstå de genetiska baserna för ekologiska egenskaper, deras utveckling, reglering och fitness bidrag. Experimentella populationer av Pseudomonas fluorescens avviker snabbt i rumsligt strukturerade mikrokosmos och producerar ett antal ytkoloniserande former. Tro

Fånga mig om du kan: spridning och foderning av Bdellovibrio bacteriovorus 109J längs mycelia

Fånga mig om du kan: spridning och foderning av Bdellovibrio bacteriovorus 109J längs mycelia

ämnen Mikrobiella samhällen Miljömikrobiologi Abstrakt För att hantera heterogena miljöer och resursfördelning har filamentösa svampar utvecklat en rumsligt omfattande tillväxt som gör att deras hyfer kan tränga igenom luft-vatten-gränssnitt och passera genom luftfyllda porer. Sådana mycelier är också kända för att fungera som spridningsnätverk för mobilisering av bakterier ("svampvägar") och anslutning av mikrobiella mikrobitater. Hittills är emell

Membranblåsor i naturliga miljöer: en viktig utmaning inom viral ekologi

Membranblåsor i naturliga miljöer: en viktig utmaning inom viral ekologi

ämnen Mikrobiell ekologi virologi Produktionen av extracellulära membranblåsor (hädanefter kallade MV: er) är ett universellt cellulärt drag, gemensamt för livets tre domäner (Deatherage och Cookson, 2012). I synnerhet har det varit känt i årtionden att bakterier, inklusive marina arter, producerar MV: er i laboratoriet men också i biofilmer eller under infektioner (Schooling och Beveridge, 2006; Deatherage och Cookson, 2012). Men tills

Kall anpassning reglerad av kryptisk profageskärning i Shewanella oneidensis

Kall anpassning reglerad av kryptisk profageskärning i Shewanella oneidensis

ämnen Miljömikrobiologi Mikrobiell ekologi Abstrakt Bland de miljöspänningar som bakterier upplever är temperaturförskjutningar en av de viktigaste. I denna studie upptäckte vi en ny kall anpassningsmekanism i Shewanella oneidensis som inträffar på DNA-nivå och regleras av kryptisk profageskärning. Tidigare

Acetoklastiska metanosaeta är dominerande metanogener i organiska rika antarktiska marina sediment

Acetoklastiska metanosaeta är dominerande metanogener i organiska rika antarktiska marina sediment

ämnen biogeokemi Abstrakt Trots att de står för majoriteten av sedimentär metan förblir fysiologin och det relativa överflödet av metanogener under ytan dåligt förstått. Vi kombinerade intakta polära lipid- och metagenomtekniker för att bättre begränsa närvaron och funktioner av metanogener i de mycket reducerande, organiska rika sedimenten i Antarktis Adélie-bassängen. Samlingen av me

Exopolysackaridmikrokanaler styr bakteriell rörlighet och organiserar multicellulärt beteende

Exopolysackaridmikrokanaler styr bakteriell rörlighet och organiserar multicellulärt beteende

ämnen Mikrobiella samhällen Abstrakt Myxobakterierna är en familj av jordbakterier som bildar biofilmer med komplex arkitektur, inriktade flerskiktssvärmar eller fruktkroppsstrukturer som är enkla eller grenade aggregat som innehåller myxosporer. Här undersökte vi den strukturella rollen för matrisexopolysackarid (EPS) i organisationen av dessa ytbeboande bakterieceller. Med hjä

Överföringsdynamik av en växande infektionssjukdom i vilda djur genom reproduktionscykler för värd

Överföringsdynamik av en växande infektionssjukdom i vilda djur genom reproduktionscykler för värd

ämnen Djuravel Virusinfektion Viral överföring Abstrakt Uppkommande infektionssjukdomar utgör stora hot mot djurlivsbestånd. För att förbättra vår förståelse för dynamiken i dessa sjukdomar undersökte vi hur värdens reproduktiva beteende och säsongens temperaturvariation driver överföring av infektioner bland vilda värdar, med hjälp av modellsystemet för cyprinid herpesvirus 3 (CyHV-3) i vanlig karp. Våra huvudsakliga

Bakteriell transkriptomombyggnad under sekventiell samkultur med ett marint dinoflagellat och diatom

Bakteriell transkriptomombyggnad under sekventiell samkultur med ett marint dinoflagellat och diatom

ämnen Biooceanography Mikrobiell ekologi Abstrakt I sin roll som primärproducenter modulerar marina fytoplankton heterotrofiska bakterieaktiviteter genom skillnader i typer och mängder av organiskt material som de släpper ut. Denna studie undersöker det transkriptionella svaret från bakterien Ruegeria pomeroyi , en medlem av Roseobacter clade som är känd för att koppla till olika fytoplanktongrupper i havet under en förskjutning i fytoplankton taxonomi. Bakterie

Geninriktad metagenomik avslöjar en omfattande mångfald av aromatiska dioxygenasgener i miljön

Geninriktad metagenomik avslöjar en omfattande mångfald av aromatiska dioxygenasgener i miljön

Abstrakt Att förstå förhållandet mellan genmångfald och funktion för viktiga miljöprocesser är ett viktigt ekologisk forskningsmål. Vi använde geninriktade metagenomik och pyrosekvenser på aromatiska dioxygenasgener för att få större sekvensdjup än möjligt med andra metoder. En primeruppsättning av polymeras-kedjereaktion (PCR) utformad för att rikta in sig mot en 524-bp-region som ger substratspecificitet för bifenyldioxygenaser gav 2000- och 604-sekvenser från 5'- och 3'-ändarna av PCR-produkter, som passerade våra giltighetskriterier. Sekvensinriktning vi

Utforska nukleo-cytoplasmatiska stora DNA-virus i mikrobiella metagenomer i Tara Oceans

Utforska nukleo-cytoplasmatiska stora DNA-virus i mikrobiella metagenomer i Tara Oceans

ämnen metagenomik Mikrobiell biooceanografi Abstrakt Nucleo-cytoplasmatiska stora DNA-virus (NCLDV) utgör en grupp eukaryota virus som kan ha avgörande ekologiska roller i havet genom att påskynda omsättningen för deras encelliga värdar eller genom att orsaka sjukdomar hos djur. För att bättre karakterisera mångfalden, överflödet och biogeografin hos marina NCLDV: er analyserade vi 17 metagenomer härrörande från mikrobiella prover (0, 2–1, 6 mikrometer storleksanpassa) som samlats in under Tara Oceans Expedition. Provuppsättning

Att fånga de mest eftertraktade taxorna genom korrelationer mellan korsprov

Att fånga de mest eftertraktade taxorna genom korrelationer mellan korsprov

ämnen Tillämpad mikrobiologi metagenomik Abstrakt Human Microbiome Project (HMP) identifierade 16S rRNA-gensekvenser för "mest efterfrågade" taxa - som var vanliga i den friska mänskliga mikrobiota men långt ifrån tidigare kända sekvenser. Sedan 2012 har få av motsvarande genom isolerats och sekvenserats, och endast genom avancerade isoleringstekniker. Vi visa

Utveckling av metabolisk divergens i Pseudomonas aeruginosa under långvarig infektion underlättar en proto-kooperativ interspecies interaktion

Utveckling av metabolisk divergens i Pseudomonas aeruginosa under långvarig infektion underlättar en proto-kooperativ interspecies interaktion

ämnen Mikrobiell ekologi Abstrakt Effekten av polymikrobiella interaktioner på patogenfysiologi och hur den kan verka antingen för att begränsa patogenkolonisering eller för att förstärka patogenutvidgning och virulens är inte väl förstått. Pseudomonas aeruginosa och Staphylococcus aureus är opportunistiska patogener som vanligtvis förekommer i polymikrobiella mänskliga infektioner. Vi har emell

Tidig kolonisering av Escherichia coli framkallar ombyggnad av kolonepitel från råttor som skiftade mot ett nytt homeostatiskt tillstånd

Tidig kolonisering av Escherichia coli framkallar ombyggnad av kolonepitel från råttor som skiftade mot ett nytt homeostatiskt tillstånd

ämnen Kolon mikrobiota Abstrakt Vi undersökte effekterna av tidiga koloniserande bakterier på kolonepitelet. Vi isolerade dominerande bakterier, Escherichia coli , Enterococcus faecalis , Lactobacillus intestinalis , Clostridium innocuum och en ny Fusobacterium spp., Från tarminnehållet i konventionella ammande råttor och överförde dem i olika kombinationer till grovfria (GF) vuxna råttor. Djur un

Näringsregimet reglerar komplex användning av transkriptionsstartplatser inom ett Pseudoalteromonas-kitinas-genkluster

Näringsregimet reglerar komplex användning av transkriptionsstartplatser inom ett Pseudoalteromonas-kitinas-genkluster

Abstrakt Chitinas-genklusteret av den marina bakterien Pseudoalteromonas sp. S91, chiABC , som producerar de huvudsakliga chitinaserna i denna sp., Transkriberades som en operon och från varje enskild gen. chiA , chiB och chiC befanns ha flera transkriptionella startpunkter (TSP), vars användning bestämdes av näringsregimet som användes för S91-tillväxt. I min

Släktet Micromonospora är utbrett i baljväxterodlar: exemplet med Lupinus angustifolius

Släktet Micromonospora är utbrett i baljväxterodlar: exemplet med Lupinus angustifolius

ämnen Mikrobiell ekologi Jordmikrobiologi Symbios Abstrakt Vår nuvarande kunskap om växter-mikrob-interaktioner indikerar att populationer som bor i en värdväxt inte är begränsade till en enda mikrobiell art utan består av flera släkter och arter. Ingen vet om samhällen inne i växter samverkar, och det har spekulerats att gynnsamma effekter är resultatet av deras kombinerade aktiviteter. Under en e

Linjespecifikt molekylsök avslöjar ny mångfald och ekologisk uppdelning av haplosporidianer

Linjespecifikt molekylsök avslöjar ny mångfald och ekologisk uppdelning av haplosporidianer

ämnen Biooceanography Mikrobiell ekologi parasitologi Abstrakt Haplosporidianer är rhizarianparasiter av främst marina ryggradslösa djur. De inkluderar orsakande agenser för sjukdomar hos kommersiellt viktiga blötdjur, inklusive MSX-sjukdom i ostron. Trots deras betydelse för livsmedelssäkerhet är deras mångfald och fördelningar dåligt kända. Vi använde

Kvorumavkänning skyddar bakteriesamarbete från utnyttjande av fusk

Kvorumavkänning skyddar bakteriesamarbete från utnyttjande av fusk

ämnen Mikrobiell ekologi Abstrakt Quorum sensing (QS) är ett cell-cell kommunikationssystem som finns i många bakteriesorter, som vanligtvis kontrollerar utsöndrade kooperativa egenskaper, inklusive extracellulära matsmältningsenzymer. Vi visar att den kanoniska QS-regleringsarkitekturen gör det möjligt för bakterier att känna den genotypiska sammansättningen av populationer med hög täthet och begränsa kooperativa investeringar till sociala miljöer berikade för samarbetspartners. Med hjälp av h

Näringsämnen driver transkriptionella förändringar som upprätthåller metabolisk homeostas men ändrar genomarkitektur i Microcystis

Näringsämnen driver transkriptionella förändringar som upprätthåller metabolisk homeostas men ändrar genomarkitektur i Microcystis

ämnen Sötvattensekologi Mikrobiell ekologi transkriptomik En rättelse till denna artikel publicerades den 23 september 2014 Den här artikeln har uppdaterats Abstrakt Cyanobacterium Microcystis aeruginosa är en globalt distribuerad blombildande organisme som försämrar sötvattensystem runt om i världen. Faktore

Liv på kanten: funktionellt genomiskt svar från Ignicoccus hospitalis på närvaron av Nanoarchaeum equitans

Liv på kanten: funktionellt genomiskt svar från Ignicoccus hospitalis på närvaron av Nanoarchaeum equitans

ämnen Archaeal genomics Evolutionär biologi Funktionell genomik Befolkningsdynamik Abstrakt Den marina hypertermofila crenarchaeon Ignicoccus hospitalis stöder spridningen på ytan av Nanoarchaeum equitans , en evolutionärt gåtfull arkeon som liknar starkt härledda parasitiska och symbiotiska bakterier. De ce

Strävan efter en enhetlig bild av bakterielandkolonisering

Strävan efter en enhetlig bild av bakterielandkolonisering

ämnen metagenomik Mikrobiell ekologi Phylogenetics Abstrakt Att utforska molekylära mekanismer som ligger bakom bakteriell vatten-till-land-övergång representerar en kritisk start på en bättre förståelse för funktionen och stabiliteten i de markbundna ekosystemen. Här utför vi omfattande analyser baserade på en stor variation av bakterier genom att integrera taxonomiska, fylogenetiska och metagenomiska data, i strävan efter en enhetlig uppfattning som belyser genomisk, evolutionär och ekologisk dynamik hos de marina förfäderna i anpassning till icke-kvatiska miljöer. Vi antar att ba

Användning av stabil isotopundersökning för att identifiera viktiga järnreducerande mikroorganismer involverade i anaerob bensennedbrytning

Användning av stabil isotopundersökning för att identifiera viktiga järnreducerande mikroorganismer involverade i anaerob bensennedbrytning

Abstrakt Här presenterar vi en detaljerad funktionell och fylogenetisk karaktärisering av en järnreducerande berikningskultur som upprätthålls i vårt labb med bensen som enda kol och energikälla. Vi använde DNA-stabil isotopundersökning för att identifiera mikrober inom den anrikning som var mest aktiv vid assimilering av 13C-märkning. När 12C6-

Funktionellt förhållande mellan Campylobacter concisus och magens ekosystem vid hälsa och sjukdom

Funktionellt förhållande mellan Campylobacter concisus och magens ekosystem vid hälsa och sjukdom

ämnen Mikrobiell ekologi mikrobiota Vår grupp har med stort intresse läst artikeln av von Rosenvinge et al. (2013) om karakteriseringen av mikrobiota närvarande i magvätskan med användning av både 16S ribosomalt DNA och ribosomal RNA-sekvensering. Magsyra och proteolytiska enzymer fungerar som en barriär mot intagna mikrober och påverkar därmed den mikrobiella ekologin i hela mag-tarmkanalen (GIT). Detta st

AHL-driven kvorumavkännande kretsar: deras frekvens och funktion bland Proteobacteria

AHL-driven kvorumavkännande kretsar: deras frekvens och funktion bland Proteobacteria

Det är nu uppenbart att bakterier använder regleringssystem som kallas quorum sensing (QS) för att avkänna deras befolkningstäthet. Sådana system är beroende av produktionen av signalmolekyler som aktiverar specifika gener när signalen når en kritisk tröskelkoncentration. Sådana QS-reglerade gener producerar fenotyper som kräver koordinatbeteende för att förmedla konkurrensfördelar till befolkningen (såsom biofilmbildning och patogenes). Det bäst karak

Biogeografi och mångfald av Collodaria (Radiolaria) i det globala havet

Biogeografi och mångfald av Collodaria (Radiolaria) i det globala havet

ämnen Biologisk mångfald Mikrobiell biooceanografi Abstrakt Collodaria är heterotrofiska marinprotister som finns antingen som stora kolonier bestående av hundratals celler eller som stora ensamma celler. Alla beskrivna arter hittills har intracellulära mikroalger som fotosymbioner. Även om nyligen genomförda miljöundersökningar baserade på molekylära metoder visade deras genomgående höga bidrag till planktoniska samhällen och deras globala förekomst, är vår förståelse för deras mångfald och biogeografi fortfarande mycket begränsad. Här uppskattade vi 1

Molekylär bevis på järnbegränsning och tillgänglighet i den globala diazotrofen Trichodesmium

Molekylär bevis på järnbegränsning och tillgänglighet i den globala diazotrofen Trichodesmium

ämnen Bakteriell fysiologi biogeokemi Mikrobiell biooceanografi Molekylär evolution Abstrakt Aktiviteten hos den N2-fixande cyanobakteriella släkten Trichodesmium är kritisk för den globala kväve- (N) och kol (C) -cykeln. Även om järn (Fe) har visats vara ett viktigt element som begränsar tillväxten och N2-fixeringen av Trichodesmium , har det inte funnits några specifika data som visar påverkan på Fe av Trichodesmium in situ . Vi undersök

Sideroforproduktion och biofilmbildning som länkade sociala egenskaper

Sideroforproduktion och biofilmbildning som länkade sociala egenskaper

Abstrakt Virulensen hos patogena mikrober kan bero på enskilda celler som samverkar i den samlade produktionen av molekyler som underlättar värdkolonisering eller exploatering. Samarbetsgrupper kan dock utnyttjas av sociala avhoppare eller "fusk". Att förstå ekologin och utvecklingen av samarbete är därför relevant för klinisk mikrobiologi. Vi stud

Karaktärisera blandad mikrobiell populationsdynamik med hjälp av tidsseriens analys

Karaktärisera blandad mikrobiell populationsdynamik med hjälp av tidsseriens analys

Abstrakt På grund av en allmän brist på tidsmässiga befolkningsdata förblir dynamiska strukturer i mikrobiella samhällen i stort sett outforskade. Kunskap om samhällsdynamik är emellertid avgörande för att förstå de mekanismer som mikrober interagerar med. Här har vi använt en beräkningsmetod för kvantifiering av bakterier i multispecypopulationer, vilket genererar data för tidsseriemodellering. Dessutom har vi

Direkt analys av tfdA-genuttryck av inhemska bakterier i fenoxysyra ändrade jordbruksjord

Direkt analys av tfdA-genuttryck av inhemska bakterier i fenoxysyra ändrade jordbruksjord

Abstrakt Uttryck av den funktionella genen tfdA involverad i nedbrytning av fenoxiättiksyra, såsom 2, 4-diklorofenoxiättiksyra (2, 4-D) och 4-klor-2-metylfenoxiättiksyra (MCPA), undersöktes under nedbrytningsscenarier i naturliga oljade jordprover. Resultaten illustrerar hur messenger-RNA (mRNA) -baserad analys är väl lämpad för att kvantitativt studera aktiviteten hos specifika mikrobiella populationer i jord med användning av fenoxiättiksyra-biologisk nedbrytning som ett modellsystem. Via kvant

Jämförande genomik av patogena linjer av Vibrio nigripulchritudo identifierar virulensassocierade egenskaper

Jämförande genomik av patogena linjer av Vibrio nigripulchritudo identifierar virulensassocierade egenskaper

ämnen Bakteriell patogenes Jämförande genomik DNA-rekombination Phylogenetics Abstrakt Vibrio nigripulchritudo är en växande patogen av odlade räkor i Nya Kaledonien och andra regioner i Indo-Stilla havet. Molekylära determinanter för V. nigripulchritudo- patogenicitet är okända; emellertid har molekylära epidemiologiska studier föreslagit att patogenicitet är kopplat till särskilda linjer. Här utförde