Isme journal (December 2019)

Transkriptionella och antagonistiska svar från Pseudomonas fluorescens Pf0-1 till fylogenetiskt olika bakteriekonkurrenter

Transkriptionella och antagonistiska svar från Pseudomonas fluorescens Pf0-1 till fylogenetiskt olika bakteriekonkurrenter

ämnen Bakterie Gemenskapens ekologi Genexpression Mikrobiell ekologi Abstrakt Jordbakteriens förmåga att framgångsrikt konkurrera med en rad andra mikrobiella arter är avgörande för deras tillväxt och överlevnad i den näringsbegränsade markmiljön. I det aktuella arbetet studerade vi beteende och transkriptionella svar från jordbeboande Pseudomonas fluorescens stam Pf0-1 på näringsfattig agar för konfrontation med stammar av tre fylogenetiskt olika bakteriegener, det vill säga Bacillus , Brevundimonas och Pedobacter . Konkurrensen om

Metatranscriptomic analys av autonomt samlat och bevarat marint bakterioplankton

Metatranscriptomic analys av autonomt samlat och bevarat marint bakterioplankton

ämnen Genexpression Mikrobiell biooceanografi transkriptomik Abstrakt Planktonisk mikrobiell aktivitet och samhällsstruktur är dynamisk och kan förändras dramatiskt på tidsskalor från timmar till dagar. Ändå av logistiska skäl är denna temporära skala vanligtvis underprovade i den marina miljön. För att und

Mikrobiell samhällssammansättning i sediment motstår störningar genom näringsberikning

Mikrobiell samhällssammansättning i sediment motstår störningar genom näringsberikning

ämnen Biologisk mångfald biogeokemi Ekosystemets ekologi Mikrobiell ekologi Abstrakt Funktionell redundans i bakteriesamhällen förväntas tillåta mikrobiella sammansättningar att överleva störningar genom att tillåta kontinuitet i funktion trots sammansättningsförändringar i samhällen. Nya bevis tyder emellertid på att mikrobiella samhällen förändrar både sammansättning och funktion som ett resultat av störningar. Vi presenterar bevi

Effekter av provbehandlingar på genomåterhämtning genom encellig genomik

Effekter av provbehandlingar på genomåterhämtning genom encellig genomik

ämnen Bakteriell genomik metagenomik Abstrakt Encellens genomik är ett kraftfullt verktyg för att få tillgång till genetisk information från okultiverade mikroorganismer. Metoder för att hantera prover före encellig genomisk amplifiering kan påverka kvaliteten på de erhållna genomerna. Med användning av tre bakteriestammar visar vi att jämfört med kryokonservering återvinns encellsgenom av lägre kvalitet när provet bevaras i etanol eller om provet genomgår fluorescens in situ hybridisering, medan provkonservering i paraformaldehyd gör det helt olämpligt för sekvensering. Huvudsaklig Relativ

Virus ansamlas i åldrande infektionscentra i en svampskogspatogen

Virus ansamlas i åldrande infektionscentra i en svampskogspatogen

ämnen Mikrobiell ekologi En rättelse till denna artikel publicerades den 20 januari 2015 Den här artikeln har uppdaterats Abstrakt Svampvirus (mykovirus) med RNA-genom antas sakna extracellulära infektionspartiklar. Dessa virus överförs i sidled bland svampstammar genom mycelialanastomoser eller vertikalt via deras infekterade sporer, men lite är känt om deras prevalens och spridningsmönster under naturliga förhållanden. Här under

De artsrika sammansättningarna av tintinnider (marina planktoniska protister) är strukturerade efter munstorlek

De artsrika sammansättningarna av tintinnider (marina planktoniska protister) är strukturerade efter munstorlek

ämnen Biologisk mångfald Mikrobiell ekologi taxonomi Abstrakt Många mikrobiella taxor i det marina planktonet verkar supermättade i artens rikedom. Här tillhandahåller vi en delvis förklaring genom att analysera hur arter är organiserade, arter packning, både vad gäller taxonomi och morfologi. Vi fokus

Anslutningen till ytan bestämmer mångfaldsmönstren i underjordiska akviferer i Fennoscandian-skölden

Anslutningen till ytan bestämmer mångfaldsmönstren i underjordiska akviferer i Fennoscandian-skölden

ämnen Mikrobiella samhällen Ekologiska nätverk Mikrobiell ekologi Den ursprungliga artikeln publicerades den 29 mars 2016 Korrigering till: ISME Journal (2016) 10, XX – XX; doi: 10, 1038 / ismej.2016.36 Uppdaterad online 9 juni 2016: Denna artikel publicerades ursprungligen under NPG: s licens för att publicera, men har nu gjorts tillgänglig under en CC BY-NC-ND 4.0-lice

Likheter och säsongsvariationer i bakteriesamhällen från gnagarnas blod och från deras loppvektorer

Likheter och säsongsvariationer i bakteriesamhällen från gnagarnas blod och från deras loppvektorer

ämnen Gemenskapens ekologi Abstrakt Vektorburen mikrober är föremål för de ekologiska begränsningarna i två distinkta mikromiljöer: den i leddjurvektorn och den i blodet från dess ryggradsvärd. Eftersom strukturen i bakteriesamhällen i dessa två mikromiljöer kan påverka mängden av vektorgrafta mikrober väsentligt, är det viktigt att förstå förhållandet mellan bakteriesamhällen i både mikromiljöer och de bestämningsfaktorer som formar dem. Vi använde pyrosekvensa

Fenologi för pelagiska bakterier med hög höjd: meteorologiska variationer, upptagningsinmatningar och termisk stratifiering i strukturerande samhällen

Fenologi för pelagiska bakterier med hög höjd: meteorologiska variationer, upptagningsinmatningar och termisk stratifiering i strukturerande samhällen

Abstrakt Många eukaryota samhällen uppvisar förutsägbar säsongsbetonning i artsammansättningen, men sådana fenologiska mönster är inte väl dokumenterade i bakteriesamhällen. Denna studie kvantifierade säsongsvariationen i gemenskapens sammansättning av bakterioplankton i en sjö med hög höjd i Sierra Nevada i Kalifornien under en treårsperiod 2004–2006. Bakterieplankton

Lättinducerade transkriptionella svar associerade med proteorhodopsin-förbättrad tillväxt i ett marint flavobacterium

Lättinducerade transkriptionella svar associerade med proteorhodopsin-förbättrad tillväxt i ett marint flavobacterium

ämnen Mikrobiell biooceanografi Mikrobiell ekologi fotobiologi transkriptomik Abstrakt Proteorhodopsin (PR) är ett fotoprotein som fungerar som en lättdriven protonpump i olika marina bakterier och Archaea. Nyligen genomförda studier har föreslagit att PR kan förbättra både tillväxthastighet och utbyte i vissa flavobakterier när de odlas under näringsbegränsande förhållanden i ljuset. Det direkta

Koraller skjuter ut bakterier som en potentiell mekanism för motståndskraft mot anrikning av organiska ämnen

Koraller skjuter ut bakterier som en potentiell mekanism för motståndskraft mot anrikning av organiska ämnen

Abstrakt Att förstå mekanismerna för korallrevs motståndskraft mot antropogena stressfaktorer är ett kritiskt steg mot att mildra deras nuvarande globala nedgång. Korallbakterierföreningar är grundläggande för revhälsa och sjukdom, men direkta observationer av dessa interaktioner är fortfarande i stort sett outforskade. Här använd

Diskriminerande upptäckt och räkning av mikrobiellt liv i marina underjordiska sediment

Diskriminerande upptäckt och räkning av mikrobiellt liv i marina underjordiska sediment

Abstrakt Upptäckt och räkning av mikrobiellt liv i naturliga miljöer ger grundläggande information om biosfärens omfattning på jorden. Emellertid har det länge varit svårt att utvärdera överflödet av mikrobiella celler i sedimentära livsmiljöer eftersom icke-specifik bindning av fluorescerande färgämne och / eller auto-fluorescens från sedimentpartiklar starkt hindrar igenkänningen av cell-härledda signaler. Här visar vi en

Mikroorganismer kvarstår på rekorddjup i bottenvåningen i Canterbury Basin

Mikroorganismer kvarstår på rekorddjup i bottenvåningen i Canterbury Basin

ämnen Biooceanography Mikrobiell ekologi Den ursprungliga artikeln publicerades den 16 januari 2014 Rättelse till: ISME Journal (2014) 8 , 1370–1380; doi: 10, 1038 / ismej.2013.250; publicerad online 16 januari 2014 Sedan publiceringen av denna artikel har det kommit till författarnas uppmärksamhet att studietillträdesnumret deponerat i Sequence Read Archive utelämnades från artikeln. Studien

En intracellulär replikationsnisch för Vibrio cholerae i ameban Acanthamoeba castellanii

En intracellulär replikationsnisch för Vibrio cholerae i ameban Acanthamoeba castellanii

ämnen Bakteriologi Vattenmikrobiologi Abstrakt Vibrio cholerae är en mänsklig patogen och det orsakande medlet av kolera. Denna bakterias uthållighet i vattenmiljöer är ett viktigt epidemiologiskt problem eftersom kolera överförs genom förorenat vatten. Rovdjur, såsom amöber, är de viktigaste reglerna för bakterier i sådana miljöer. Därför unders

Bakteriell mångfald i förhållande till sekundärproduktion och succession på ytor av kelp Laminaria hyperborea

Bakteriell mångfald i förhållande till sekundärproduktion och succession på ytor av kelp Laminaria hyperborea

ämnen Bakteriell sekretion Biologisk mångfald Skogsekologi Mikrobiell ekologi Abstrakt Kelpskogar världen över är kända som hotspots för makroskopisk biologisk mångfald och primärproduktion, men ändå är mycket lite känt om biologisk mångfald och roller som mikroorganismer i dessa ekosystem. Sekundärprod

Mångfald och funktionell analys av luxS-gener i Vibrios från marinsvampar Mycale laxissima och Ircinia strobilina

Mångfald och funktionell analys av luxS-gener i Vibrios från marinsvampar Mycale laxissima och Ircinia strobilina

ämnen Biologisk mångfald Mikrobiell biooceanografi Mikrobiell ekologi Symbios Abstrakt Svampar har mycket olika och täta mikrobiella samhällen, vilket ger en miljö där bakteriell signalering kan vara viktig. Quorum sensing (QS) är en celldensitetsberoende signalprocess som bakterier använder för att koordinera och reglera deras genuttryck. Tidigar

Metabolism på systemnivå av den förändrade Schaedler-floraen, en komplett tarmmikrobiota

Metabolism på systemnivå av den förändrade Schaedler-floraen, en komplett tarmmikrobiota

ämnen Bakterie Mikrobiella samhällen Abstrakt Den förändrade Schaedler-floraen (ASF) är ett mikrobiellt samhälle med både in vivo och in vitro relevans. Här tillhandahåller vi den första karaktären av ASF-gemenskapen in vitro , oberoende av en murin värd. Vi jämförde det funktionella genetiska innehållet i ASF med vilda murina metagenomer och fann att ASF funktionellt representerar vilda mikrobiomer bättre än slumpmässiga konsortier med liknande taxonomisk sammansättning. Vi utvecklade ett

Aktiva kvävefixerande heterotrofa bakterier vid och under kemoklinen i centrala Östersjön

Aktiva kvävefixerande heterotrofa bakterier vid och under kemoklinen i centrala Östersjön

ämnen Biooceanography Mikrobiell ekologi Abstrakt Östersjön får stora kväveinmatningar genom diazotrofisk (N2-fixering) heterocystös cyanobakterier, men betydelsen av heterotrofisk N2-fixering har inte studerats. Här undersöktes mångfalden, överflödet och transkriptionen av nifH- fragmentet av nitrogenasenzymet i två bassänger i Östersjön. N2-fixering m

Fysiologiska och evolutionära studier av NAP-system i Shewanella piezotolerans WP3

Fysiologiska och evolutionära studier av NAP-system i Shewanella piezotolerans WP3

ämnen Bakteriell utveckling Bakteriella gener Bakteriell fysiologi Abstrakt De flesta av Shewanella- arterna innehåller två periplasmiska nitratreduktaser (NAP-a och NAP-β), vilket är ett unikt drag i detta släkte. I den aktuella studien studerades de två NAP-systemens fysiologiska funktion och evolutionära förhållande i djuphavsbakterien Shewanella piezotolerans WP3. Båda WP3

Högre mångfald och överflöd av denitrifierande mikroorganismer i miljöer än tidigare anses

Högre mångfald och överflöd av denitrifierande mikroorganismer i miljöer än tidigare anses

ämnen Jordmikrobiologi Abstrakt Denitrifikation är en viktig process i den globala kvävcykeln. Generna som kodar för NirK och NirS ( nirK och nirS ), som katalyserar reduktionen av nitrit till kväveoxid, har använts som markörgener för att studera den ekologiska beteendet hos denitifierare i miljöer. Konvent