Initial genomsekvensering och analys av multipelt myelom | natur

Initial genomsekvensering och analys av multipelt myelom | natur

Anonim

ämnen

  • Cancergenetik
  • myelom
  • Sequencing

Abstrakt

Multipelt myelom är en obotlig malignitet hos plasmaceller, och dess patogenes förstås dåligt. Här rapporterar vi den massivt parallella sekvenseringen av 38 tumörgener och deras jämförelse med matchade normala DNA. Flera nya och oväntade onkogena mekanismer föreslogs av mönstret för somatisk mutation över datamängden. Dessa inkluderar mutation av gener som är involverade i proteinöversättning (sett hos nästan hälften av patienterna), gener involverade i histonmetylering och gener involverade i blodkoagulering. Dessutom indikerades en bredare än förväntad roll av NF-KB signalering med mutationer i 11 medlemmar av NF-KB vägen. Av potentiell omedelbar klinisk relevans observerades aktiverande mutationer av kinas BRAF hos 4% av patienterna, vilket tyder på utvärdering av BRAF-hämmare i kliniska studier med multipel myelom. Dessa resultat indikerar att cancergenom sekvensering av stora samlingar av prover ger ny insikt om cancer som inte förväntas av befintlig kunskap.

Huvudsaklig

Multipelt myelom är en obotlig malignitet hos mogna B-lymfoida celler, och dess patogenes förstås endast delvis. Cirka 40% av fallen har kromosomtranslokationer vilket resulterar i överuttryck av gener (inklusive CCND1 , CCND3 , MAF , MAFB , WHSC1 (även kallad MMSET ) och FGFR3 ) via deras ställning till immunglobulin tunga kedja (IgH) lokus 1 . Andra fall uppvisar hyperdiploidi. Emellertid är dessa abnormiteter förmodligen otillräckliga för malign transformation eftersom de också observeras i pre-malignt syndrom, känd som monoklonal gammopati av osäker betydelse. Maligna progressionshändelser inkluderar aktivering av MYC , FGFR3 , KRAS och NRAS och aktivering av NF-kB-vägen 1, 2, 3 . På senare tid har även mutationsfunktionsmutationer i histondemetylas UTX (även kallad KDM6A ) rapporterats 4 .

Ett kraftfullt sätt att förstå den molekylära grunden för cancer är att sekvensera antingen hela genomet eller det proteinkodande exomet och jämföra tumör till normalt från samma patient för att identifiera de förvärvade somatiska mutationerna. Nya rapporter har beskrivit sekvenseringen av hela genom från en enda patient 5, 6, 7, 8, 9 . Även om det var informativt antog vi att ett större antal fall skulle möjliggöra identifiering av biologiskt relevanta mönster som annars inte skulle vara uppenbara.

Landskap av multipla myelommutationer

Vi studerade 38 multipla myelompatienter (kompletterande tabell 1), utförande av helgenomsekvensering (WGS) för 23 patienter och helexom sekvensering (WES; utvärdering av 164 687 exoner) för 16 patienter, med en patient analyserad med båda metoderna (kompletterande information) . WES är en kostnadseffektiv strategi för att identifiera proteinkodande mutationer, men kan inte upptäcka icke-kodande mutationer och omarrangemang. Vi identifierade tumörspecifika mutationer genom att jämföra varje tumör till dess motsvarande normala med hjälp av en serie algoritmer utformade för att upptäcka punktmutationer, små infogningar / raderingar (indel) och andra omarrangemang (kompletterande figur 1). På basis av WGS var frekvensen av tumörspecifika punktmutationer 2, 9 per miljon baser, vilket motsvarar ungefär 7 450 punktmutationer per prov över genomet, inklusive ett genomsnitt av 35 aminosyra-förändringspunktsmutationer plus 21 kromosomala omarrangemang som stör protein -kodningsregioner (kompletterande tabeller 2 och 3). Den mutationsanropande algoritmen visade sig vara mycket exakt, med en verklig positiv hastighet på 95% för punktmutationer (Kompletterande text, kompletterande tabeller 4 och 5, och kompletterande figur 2).

Mutationsgraden över genomet varierade kraftigt beroende på baskomposition, med mutationer vid CpG-dinukleotider som förekommer fyra gånger oftare än mutationer vid A- eller T-baser (kompletterande figur 3a). Dessutom, även efter korrigering för baskomposition, var mutationsfrekvensen i kodande regioner lägre än den som observerades i introniska och intergeniska regioner ( P <1 × 10 −16 ; kompletterande figur 3b), potentiellt på grund av negativt selektivt tryck mot mutationer som stör kodningssekvenser. Det finns också en lägre mutationsgrad i introniska regioner jämfört med intergeniska regioner ( P <1 × 10 −16 ), vilket kan återspegla transkriptionskopplad reparation, som tidigare antydts 10, 11 . I överensstämmelse med denna förklaring observerade vi en lägre mutationsgrad i introner av gener uttryckta i multipelt myelom jämfört med de som inte uttrycktes (Fig. 1a).

Image

a, Intronic mutationshastigheter uppdelade av genuttryckningshastigheter i multipelt myelom. Genuttryckshastigheterna uppskattades genom andel av Affymetrix Present (P) -samtal i 304 primära multipla myelomprover. Felfält indikerar ± 1 standardavvikelse. NS, inte signifikant. b, Funktionsvikt (FI) poäng genererades för alla punktmutationer och delades in i fördelningar för icke-betydelsefulla mutationer (topphistogram; n = 1 019) och signifikanta mutationer (botten; n = 36). Jämförelse av distributioner sker via statistiken Kolmogorov – Smirnov.

Bild i full storlek

  • Ladda ner PowerPoint-bilden

Ofta muterade gener

Därefter fokuserade vi på distributionen av somatiska, icke-tysta proteinkodande mutationer. Vi uppskattade statistisk betydelse genom jämförelse med bakgrundens fördelning av mutationer (kompletterande information). Tio gener visade statistiskt signifikanta hastigheter av proteinförändringsmutationer ("signifikant muterade gener") med en falsk upptäcktsfrekvens (FDR) på ≤0, 10 (tabell 1). För att undersöka deras funktionella betydelse jämförde vi deras förutsagda konsekvens (på grundval av evolutionsbesparing och karaktär av aminosyraförändringen) med fördelningen av alla kodande mutationer. Denna analys visade en dramatisk skevning av funktionsvikt (FI) poäng 12 för de tio signifikant muterade generna ( P = 7, 6 × 10 - 14 ; Fig. 1b), vilket stödde deras biologiska relevans. Även efter att RAS- och p53-mutationer uteslutits från analysen förblev skevningen betydande ( P <0, 01).

Full storlek bord

Vi undersökte också den icke-synonyma / synonyma (NS / S) mutationsgraden för de signifikant muterade generna. Det förväntade NS / S-förhållandet var 2, 82 ± 0, 15, medan det observerade förhållandet var 39: 0 för de signifikanta generna ( P <0, 0001), vilket ytterligare förstärkte fallet att dessa gener troligen är drivkrafter för patogenesen för multipelt myelom, och det är osannolikt att helt enkelt vara passagerarmutationer.

De signifikant muterade generna inkluderar tre tidigare rapporterade ha punktmutationer i multipelt myelom: KRAS och NRAS (10 respektive 9 fall (50%), P <1 × 10 −11, q <1 × 10 −6 ) och TP53 (3 fall (8%), P = 5, 1 × 10 −6, q = 0, 019). Intressant nog identifierade vi tvåpunktsmutationer (5%, P = 0, 000027, q = 0, 086) i CCND1 (cyklin D1), som länge har erkänts som ett mål för kromosomal translokation vid multipelt myelom, men för vilken punktmutationer inte har observerats tidigare i cancer.

De återstående sex generna har inte tidigare varit kända för att vara involverade i cancer och indikerar nya aspekter av patogenesen av multipelt myelom.

RNA-bearbetning och proteinhomeostasmutationer

Ett slående konstaterande av denna studie var upptäckten av frekventa mutationer i gener involverade i RNA-bearbetning, proteinöversättning och det utbredda proteinsvaret. Sådana mutationer observerades hos nästan hälften av patienterna.

DIS3 (även kallad RRP44 ) genen innehöll mutationer hos 4 av 38 patienter (11%, P = 2, 4 × 10 −6, q = 0, 011). DIS3 kodar ett starkt konserverat RNA-exonukleas som tjänar som den katalytiska komponenten i exosomkomplexet som är involverat i att reglera bearbetningen och överflödet av alla RNA-arter 13, 14 . De fyra observerade mutationerna inträffar vid mycket konserverade regioner (fig. 2a) och kluster inom RNB-domänen som vetter mot enzymets katalytiska ficka (fig. 2b). Två bevislinjer indikerar att DIS3- mutationerna resulterar i förlust av funktion. Först uppvisade tre av de fyra tumörerna med mutationer förlust av heterozygositet genom borttagning av den återstående DIS3- allelen. För det andra har två av mutationerna funktionellt karakteriserats i jäst och bakterier, där de resulterar i förlust av enzymatisk aktivitet som leder till ackumulering av deras RNA-mål 15, 16 . Med tanke på att en exosom en nyckelroll är regleringen av den tillgängliga poolen av mRNA som är tillgängliga för translation 17, indikerar dessa resultat att DIS3- mutationer kan dysregulera proteinöversättning som en onkogen mekanism i multipelt myelom.

Image

a, Justering av human, jäst och bakteriell RNB-domän av DIS3. Positioner av observerade mutationer indikeras med avseende på den mänskliga sekvensen. Jästekvivalenter är respektive S541, V568, G833 och R847. b, endimensionella och tredimensionella strukturer av jäst DIS3, med RNB-domänen färgad i blått och mutationer färgade i rött. c, GSEA-plott som visade anrikning av ribosomal proteingen bland gener som är korrelerade med FAM46C- uttryck i 414 multipla myelomprover.

Bild i full storlek

  • Ladda ner PowerPoint-bilden

Ytterligare stöd för en roll av translationskontroll vid patogenesen av multipelt myelom kommer från observationen av mutationer i FAM46C- genen hos 5 av 38 (13%) patienter ( P = 1, 8 × 10 −10, q = 1 × 10 −6 ). Det finns ingen publicerad funktionell annotation av FAM46C , och dess sekvens saknar uppenbar homologi med kända proteiner. För att få insikt i dess cellulära roll undersökte vi dess mönster för genuttryck över 414 multipla myelomprover och jämförde det med uttrycket av 395 genuppsättningar som är kuraterade i Molecular Signatures Database (MSigDB), med GSEA-algoritmen 18, 19, 20 . Uttrycket av FAM46C var starkt korrelerat ( q = 0, 034 efter multipel hypotekorrigering; fig. 2c) till uttrycket av uppsättningen ribosomala proteiner som är kända för att vara tätt samreglerade 21 . På samma sätt observerades stark korrelation med eukaryotiska initierings- och töjningsfaktorer involverade i proteinöversättning. Även om den exakta funktionen av FAM46C förblir okänd, ger denna slående korrelation starka bevis på att FAM46C på något sätt är funktionellt relaterat till regleringen av översättning. I överensstämmelse med denna observation visades FAM46C nyligen att fungera som en mRNA-stabilitetsfaktor (M. Fleming, manuskript inlämnat).

Även om det inte är statistiskt signifikant på egen hand fann vi mutationer i fem andra gener relaterade till proteinöversättning, stabilitet och de oöppnade proteinsvaren (kompletterande tabell 6), vilket ytterligare stödjer en roll för translationskontroll vid multipelt myelom. Av speciellt intresse hade två patienter mutationer i den ofoldiga proteinsvargenen XBP1 . Överuttryck av en speciell skarvform av XBP1 har visat sig orsaka ett multipel-myelomliknande syndrom hos möss, även om ingen roll av XBP1 i patogenesen av humant multipelt myelom har beskrivits 22 .

Av relaterat intresse observerades mutationer av LRRK2- genen hos 3 av 38 patienter (8%; kompletterande tabell 6). LRRK2 kodar ett serintreoninkinas som fosforylerar translation-initieringsfaktor 4E-bindande protein (4EBP). LRRK2 är mest känd för sin roll i predispositionen till Parkinsons sjukdom 23, 24 . Parkinsons sjukdom och andra neurodegenerativa sjukdomar, såsom Huntingtons sjukdom, kännetecknas delvis av avvikande, oöppnad proteinsvar 25 . Proteinhomeostas kan vara särskilt viktigt vid multipelt myelom på grund av den enorma produktionshastigheten av immunglobuliner med multipla myelomceller 26, 27, 28 . Upptäckten är också av klinisk betydelse på grund av framgången för läkemedlet bortezomib (Velcade), som hämmar proteasomen och som visar anmärkningsvärd aktivitet i multipelt myelom jämfört med andra tumörtyper 29 .

Tillsammans indikerar dessa resultat att mutationer som påverkar proteinöversättning och homeostas är oerhört vanliga vid multipelt myelom (minst 16 av 38 patienter; 42%), vilket därmed indikerar att ytterligare terapeutiska metoder som riktar sig till dessa mekanismer kan vara värda att utforska.

Identiska mutationer antyder förstärkning av funktion onkogener

Ett annat sätt att känna igen biologiskt signifikanta mutationer är att söka efter återfall av identiska mutationer som indikerar förändringar i funktionen hos onkogener. Två patienter hade en identisk mutation (K123R) i den DNA-bindande domänen för interferonregleringsfaktorn IRF4. Intressant nog visade en nyligen visad RNA-interferensskärm vid multipelt myelom att IRF4 var nödvändig för multipel myelomöverlevnad, i överensstämmelse med dess roll som en förmodad onkogen 30 . Genotypning för denna mutation i 161 ytterligare multipla myelomprover identifierade ytterligare två patienter med denna mutation. IRF4 är en transkriptionell regulator av PRDM1 (även kallad BLIMP1), och två av 38 sekvenserade patienter uppvisade också PRDM1- mutationer. PRDM1 är en transkriptionsfaktor involverad i plasmacell-differentiering, vars mutationsförlustmutationer uppträder i diffus stort B-celllymfom 31, 32, 33, 34, 35 .

Kliniskt verkningsbara mutationer i BRAF

Vissa mutationer förtjänar uppmärksamhet på grund av deras kliniska relevans. En av de trettioåtta patienterna innehöll en BRAF-kinasmutation (G469A). Även om BRAF G469A inte tidigare har observerats vid multipelt myelom, är denna exakta mutation känd för att vara aktiverande och onkogen 36 . Vi genotypade ytterligare 161 multipla myelompatienter för de 12 vanligaste BRAF- mutationerna och fann mutationer hos 7 patienter (4%). Tre av dessa var K601N och fyra var V600E (den vanligaste BRAF-mutationen i melanom 37 ). Vårt upptäckt av vanliga BRAF- mutationer vid multipelt myelom har viktiga kliniska konsekvenser eftersom sådana patienter kan dra nytta av behandling med BRAF-hämmare, av vilka vissa visar markant klinisk aktivitet 38 . Våra resultat stöder också observationen att hämmare som verkar nedströms om BRAF (till exempel på MEK) kan ha aktivitet vid multipelt myelom 39 .

Genuppsättningsmutationer: NF-KB-väg

En annan metod för att identifiera biologiskt relevanta mutationer i multipelt myelom är att inte titta på mutationsfrekvensen för enskilda gener, utan snarare på uppsättningar av gener.

Vi övervägde först genuppsättningar baserade på befintlig insikt i biologin med multipelt myelom. Exempelvis är aktivering av NF-kB-vägen känd vid multipelt myelom, men basen för sådan aktivering förstås endast delvis 2, 3 . Vi observerade 10-punktsmutationer ( P = 0, 016) och 4 strukturella omarrangemang, som påverkade 11 NF-KB-banvägar (kompletterande tabell 7): BTRC , CARD11 , CYLD , IKBIP , IKBKB , MAP3K1 , MAP3K14 , RIPK4 , TLR4 , TNFRSF1A och TRAF3 . Sammantaget utvidgar våra resultat kraftigt mekanismerna genom vilka NF-KB kan aktiveras i multipelt myelom.

Genuppsättningsmutationer: histonmodifierande enzymer

Därefter såg vi efter anrikning i mutationer i histonmodifierande enzymer. Denna hypotes uppstod på grund av vår iakttagelse att den homeotiska transkriptionsfaktorn HOXA9 uttrycktes starkt i en delmängd av flera myelompatienter, särskilt de som saknade kända IgH-translokationer (kompletterande figur 4a). HOXA9-uttryck regleras primärt av histonmetyltransferaser (HMT) inklusive medlemmar av MLL-familjen. Känslig polymeras-kedjereaktion med omvänd transkription (RT – PCR) -analys visade att HOXA9 i själva verket uttrycktes allmänt allmänt i multipelt myelom, varvid de flesta fall uppvisade bialleliskt uttryck i överensstämmelse med dysregulering via en uppströms HMT-händelse (kompletterande fig. 4b, c). Följaktligen såg vi efter mutationer i gener som är kända för att reglera HOXA9 direkt. Vi hittade signifikant anrikning ( P = 0, 0024), med mutationer i MLL , MLL2 , MLL3 , UTX , WHSC1 och WHSC1L1 .

HOXA9 tystas normalt genom histon 3-lysin 27-trimetylering (H3K27me3) kromatinmärken när celler differentierar bortom det hematopoetiska stamcellsteget 40, 41 . Detta repressiva märke var svagt eller frånvarande vid HOXA9- lokuset i de flesta multipla myelomcellinjer (fig. 3a). Dessutom fanns det omvänd korrelation mellan H3K27me3-nivåer och HOXA9- uttryck (fig. 3b), i överensstämmelse med HMT-dysfunktion som bidrog till avvikande HOXA9- uttryck.

Image

a, H3K27me3-anrikning vid HOXA9- promotorn i CD34-celler, CD19-celler och multipla myelomcellinjer relativt H3K27me3-metylering på BC-stället, känt för att vara hypometylerad i alla celler. b, Relativt HOXA9- uttryck mot H3K27me3-anrikning vid HOXA9- lokuset. c, GFP-tävlingsanalys i multipla myelomcellinjer. Efter lentiviral infektion med sju HOXA9- shRNA eller ett kontroll-shRNA-riktat luciferas övervakades GFP-positiva celler genom flödescytometri och jämfördes med andelen GFP-positiva celler närvarande i populationen 3 dagar efter infektion (betecknad dag 0). Felfält indikerar standardfel för medelvärdet och representerar minst tre oberoende experiment.

Bild i full storlek

  • Ladda ner PowerPoint-bilden

För att fastställa den funktionella betydelsen av HOXA9- expression i multipla myelomceller, slog vi ner dess expression med sju shRNA: er (kompletterande fig. 5). I 11 av 12 multipla myelomcellinjer uppvisade HOXA9-utarmade celler en konkurrensnackdel (fig. 3c och kompletterande fig. 6).

Dessa experiment indikerar att avvikande HOXA9- uttryck, åtminstone delvis orsakat av HMT-relaterade genomiska händelser, har en roll i multipelt myelom och kan representera ett nytt terapeutiskt mål. Ytterligare stöd för en roll av HOXA9 som ett multipelt myelom-onkogen, array-baserad jämförande genomisk hybridisering identifierade fokala amplifieringar av HOXA- lokuset i 5% av patienterna (kompletterande fig. 7).

Upptäcka nya genuppsättningsmutationer

Nästa frågade vi om det skulle vara möjligt att upptäcka vägar berikade för mutationer i frånvaro av tidigare kunskap. Följaktligen undersökte vi 616 genuppsättningar i MSigDB Canonical Pathways-databasen. En högt rankad genuppsättning var av särskilt intresse eftersom den inte hänförde sig till gener som var kända för att vara viktiga vid multipelt myelom. Denna genuppsättning kodar proteiner involverade i bildningen av fibrinproppen i blodkoaguleringskaskaden. Det fanns 6 mutationer, hos 5 av 38 patienter (16%, q = 0, 0054), som kodade för 5 proteiner (kompletterande tabell 8). RT – PCR-analys bekräftade uttryck av 4 av de 5 koagulationsfaktorerna i multipla myelomcellinjer (kompletterande fig. 8). Koagulationskaskaden involverar ett antal extracellulära proteaser och deras underlag och regulatorer, men deras roll vid multipelt myelom har inte misstänkts. Trombin och fibrin har emellertid visat sig fungera som mitogener i andra celltyper 42 och har varit inblandade i metastas 43 . Dessa observationer antyder att mutationer i koagulationsfaktorer bör undersökas mer fullständigt i mänskliga cancerformer.

Mutationer i icke-kodande regioner

Analyser av icke-kodande delar av genomet har inte tidigare rapporterats i cancer. Vi fokuserade på icke-kodande regioner med högsta regleringspotential. Vi definierade 2, 4 × 10 6 regulatoriska potentiella regioner (kompletterande figur 9), i genomsnitt 280 baspar (bp). Vi behandlade sedan dessa regioner som om de var proteinkodande gener, utsatt dem för samma permutationsanalys som användes för exoniska regioner.

Vi identifierade flera icke-kodande regioner med höga mutationsfrekvenser som föll i två klasser (tabell 2 och kompletterande tabell 9). Den första motsvarar regioner med känd somatisk hypermutation. Dessa har 1 000 gånger högre mutationsfrekvens än förväntat, som förväntat för B-celler efter kärncentralen (kompletterande tabell 9). Dessa regioner innefattar immunoglobulinkodande gener och 5 'UTR för lymfoidkogenen, BCL6 , såsom rapporterats 44 . Intressant nog fann vi också tidigare okända mutationer i den intergeniska regionen som flankerar BCL6 hos fem patienter, vilket indikerar att somatisk hypermutation troligen inträffar i regioner bortom 5 'UTR och första intron av BCL6 (tabell 2). Huruvida sådana icke-kodande BCL6- mutationer bidrar till multipel myelompatogenes återstår att fastställa.

Full storlek bord

Den andra klassen bestod av 18 icke-kodande regioner med mutationsfrekvenser utöver det som förväntades av en slump ( q <0, 25) (tabell 2 och kompletterande tabell 10). Fyra av de 18 regionerna flankerade gener som också innehöll kodande mutationer. Intressant sett observerade vi 7 mutationer hos 5 av 23 patienter (22%) inom icke-kodande regioner av BCL7A , en förmodad tumörsuppressorgen upptäckt i B-cell malignitet Burkitt lymfom 45, och som också raderas eller hypermetyleras i kutan T- celllymfom 46, 47 . Funktionen för BCL7A är okänd, och effekten av dess icke-kodande mutationer i multipelt myelom återstår att fastställas.

Vår preliminära analys av icke-kodande mutationer indikerar att icke-exoniska delar av genomet kan representera en tidigare outnyttjad källa till insikt i patogenesen för cancer.

Diskussion

Analysen av multipelt myelomgenom avslöjar att mekanismer som tidigare misstänks ha en roll i biologin för multipelt myelom (till exempel NF-KB-aktivering och HMT-dysfunktion) kan ha breda roller på grund av mutationer i flera medlemmar av dessa vägar. Dessutom föreslås potentiellt nya mekanismer för transformation, inklusive mutationer i RNA-exonukleaset DIS3 och andra gener involverade i proteinöversättning och homeostas. Huruvida dessa mutationer är unika för multipelt myelom eller är vanliga för andra cancerformer återstår att bestämma. Dessutom observerades frekventa mutationer i det onkogena kinas BRAF - ett fynd som har omedelbara kliniska translationella konsekvenser.

Det är viktigt att de flesta av dessa upptäckter inte kunde ha gjorts genom att bara sekvensbestämma ett enda multipelt myelomgenom - de komplexa mönstren för vägreglering krävde analys av flera genom. Helt exom sekvensering avslöjade den väsentliga majoriteten av de signifikant muterade generna. Vi noterar emellertid att hälften av de totala proteinkodande mutationer inträffade via kromosomavvikelser såsom translokationer, varav de flesta inte skulle ha upptäckts genom sekvensering av exomet enbart. På liknande sätt skulle de återkommande punktmutationerna i icke-kodande regioner ha missats med sekvensering riktad endast mot kodande exoner.

Analysen som beskrivs här är preliminär. Ytterligare flera myelomgener kommer att krävas för att etablera det definitiva genomiska landskapet av sjukdomen och bestämma exakta uppskattningar av mutationsfrekvensen i sjukdomen. Sekvensdata som beskrivs här kommer att finnas tillgängliga från dbGaP-förvaret (//www.ncbi.nlm.nih.gov/gap) och vi har skapat en multipel myeloma Genomics Portal (//www.broadinstitute.org/mmgp) för att stödja data analys och visualisering.

Metoder Sammanfattning

Informerat samtycke från flera myelompatienter erhölls i enlighet med Helsingforsdeklarationen. DNA extraherades från benmärgsaspirat (tumör) och blod (normalt). WGS-bibliotek (370–410-bp-insatser) och WES-bibliotek (200–350-bp-insatser) konstruerades och sekvenserades på en Illumina GA-II-sekvenserare med användning av 101- och 76-bp-parläden respektive. Sekvensläsningar behandlades med Firehose-pipeline, identifierande somatiska punktmutationer, indel och andra strukturella kromosomala omarrangemang. Strukturella omarrangemang som påverkar proteinkodande regioner underkastades sedan manuell granskning för att utesluta anpassningsartiklar. Verkliga positiva mutationsgrader uppskattades genom sekvensomasspektrometri-genotypning av slumpvis utvalda mutationer. HOXA9 korta hårnål RNA infördes i multipla myelomcellinjer med användning av lentiviral infektion med standardmetoder.

En fullständig beskrivning av material och metoder finns i den kompletterande informationen.

anslutningar

Primära anslutningar

Genuttryck Omnibus

  • GSE26760
  • GSE26849
  • GSE26863

Insättningar av data

Sekvensdata har deponerats i dbGaP-förvaret (//www.ncbi.nlm.nih.gov/gap) under anslutningsnumret phs000348.v1.p1. Ytterligare data har lämnats in till genuttryck Omnibus (//www.ncbi.nlm.nih.gov/geo) under anslutningsnummer GSE26760 (GEP-data) och GSE26849 (aCGH-data); båda datauppsättningarna kombineras också under anslutningskoden GSE26863. Vi har också skapat en multipel myelom Genomics Portal (//www.broadinstitute.org/mmgp) för att stödja dataanalys och visualisering.

Kompletterande information

PDF-filer

  1. 1.

    Kompletterande information

    Filen innehåller kompletterande figurer 1-14 med legender, kompletterande metoder och kompletterande tabeller 1-16.

kommentarer

Genom att skicka en kommentar samtycker du till att följa våra villkor och gemenskapens riktlinjer. Om du finner något missbruk eller som inte överensstämmer med våra villkor eller riktlinjer ska du markera det som olämpligt.